一、肺炎链球菌的耐药性及其血清型分布调查（论文文献综述）
吕志勇,姚开虎,宋文琪,董方,甄景慧,孟庆盈,苏建荣[1]（2021）在《儿童侵袭性肺炎链球菌感染的血清型和耐药性》文中认为目的了解某医院住院患儿侵袭性肺炎链球菌感染的临床特征以及菌株的血清型和耐药性,以期指导临床合理用药,寻找防治侵袭性肺炎链球菌感染的有效方法。方法回顾性分析2014年1月—2018年12月该院明确诊断为侵袭性肺炎链球菌感染患儿的临床资料,肺炎链球菌的药敏结果、血清型,以及疫苗对其血清型覆盖情况。结果 74例侵袭性肺炎链球菌感染患儿主要为幼儿期患儿（55.4%）,感染部位主要以单部位血液为主（44.6%）。74株肺炎链球菌,其中22株分离自脑脊液标本,分为13种血清型,常见的血清型为19F、19A、14和23F。青霉素不敏感肺炎链球菌（PNSP）检出率为56.7%（42株）,未发现对利奈唑胺、万古霉素、莫西沙星和左氧氟沙星耐药的肺炎链球菌。不同血清型菌株的耐药率有明显差异,血清型19F和19A对青霉素、头孢噻肟、头孢吡肟和美罗培南的耐药率高于其他血清型。肺炎链球菌疫苗对肺炎链球菌的覆盖率:PCV7为63.5%,PCV13为97.3%。结论该医院住院患儿侵袭性肺炎链球菌感染多见于婴幼儿,分离的肺炎链球菌血清型以19F、19A、14、23A为主,PCV13对这些血清型覆盖率高,可通过接种疫苗减少侵袭性肺炎链球菌感染的发生。流行率高的血清型往往表现出更高的耐药性,应根据药敏试验结果合理选用抗菌药物。
中华预防医学会,中华预防医学会疫苗与免疫分会[2]（2020）在《肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2020版）》文中进行了进一步梳理肺炎球菌性疾病是全球严重的公共卫生问题之一,也是导致中国儿童及成年人发病和死亡的重要原因。肺炎球菌性疾病的临床治疗用药以抗生素为主,由于抗生素的广泛应用,肺炎球菌的耐药性问题日益严重。采用肺炎球菌疫苗预防肺炎球菌性疾病并减少细菌耐药性,尤为必要和迫切。本文在《肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2017版）》基础上,结合WHO肺炎球菌疫苗立场文件（2019年）和国内外最新研究进展,对肺炎球菌性疾病的病原学、临床学、流行病学、疾病负担、疫苗学等方面进行系统综述,目的是为公共卫生和预防接种专业人员在科学使用疫苗与发挥疫苗最佳预防作用方面提供证据,提高肺炎球菌性疾病防控水平。
中华预防医学会,中华预防医学会疫苗与免疫分会[3]（2020）在《肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2020版）》文中研究指明肺炎球菌性疾病是全球严重的公共卫生问题之一,也是导致中国儿童及成人发病和死亡的重要原因。肺炎球菌性疾病的临床治疗用药以抗生素为主,由于抗生素的广泛应用,肺炎球菌的耐药性问题日益严重。采用肺炎球菌疫苗预防肺炎球菌性疾病并减少细菌耐药性,尤为必要和迫切。本文在《肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2017版）》基础上,结合WHO肺炎球菌疫苗立场文件（2019年）和国内外最新研究进展,对肺炎球菌性疾病的病原学、临床学、流行病学、疾病负担、疫苗学等方面进行系统综述,目的是为公共卫生和预防接种专业人员在科学使用疫苗与发挥疫苗最佳预防作用方面提供证据,提高肺炎球菌性疾病防控水平。
Chinese Preventive Medicine Association;Vaccine and Immunology Branch of the Chinese Preventive Medicine Association;[4]（2021）在《肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2020版）》文中研究表明肺炎球菌性疾病是全球严重的公共卫生问题之一,也是导致中国儿童及成年人发病和死亡的重要原因。肺炎球菌性疾病的临床治疗用药以抗生素为主,由于抗生素的广泛应用,肺炎球菌的耐药性问题日益严重。采用肺炎球菌疫苗预防肺炎球菌性疾病并减少细菌耐药性,尤为必要和迫切。本文在《肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2017版）》基础上,结合WHO肺炎球菌疫苗立场文件（2019年）和国内外最新研究进展,对肺炎球菌性疾病的病原学、临床学、流行病学、疾病负担、疫苗学等方面进行系统综述,目的是为公共卫生和预防接种专业人员在科学使用疫苗与发挥疫苗最佳预防作用方面提供证据,提高肺炎球菌性疾病防控水平。
中华预防医学会,中华预防医学会疫苗与免疫分会[5]（2020）在《肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2020版）》文中认为肺炎球菌性疾病是全球严重的公共卫生问题之一,也是导致中国儿童及成年人发病和死亡的重要原因。肺炎球菌性疾病的临床治疗用药以抗生素为主,由于抗生素的广泛应用,肺炎球菌的耐药性问题日益严重。采用肺炎球菌疫苗预防肺炎球菌性疾病并减少细菌耐药性,尤为必要和迫切。本文在《肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2017版）》基础上,结合WHO肺炎球菌疫苗立场文件（2019年）和国内外最新研究进展,对肺炎球菌性疾病的病原学、临床学、流行病学、疾病负担、疫苗学等方面进行系统综述,目的是为公共卫生和预防接种专业人员在科学使用疫苗与发挥疫苗最佳预防作用方面提供证据,提高肺炎球菌性疾病防控水平。
袁献宇[6]（2020）在《源自家庭农场病猪的猪链球菌分子分型与毒力评价》文中研究指明猪链球菌病是链球菌属中马链球菌兽疫亚种、马链球菌类马亚种、兰氏分群中D、E、L群链球菌以及猪链球菌（Streptococcus suis,SS）引起猪的疫病总称。临床表现主要为败血症、化脓性淋巴结炎、肺炎、脑膜炎以及关节炎等。20世纪50～60年代猪链球菌病在我国即有出现,是养猪生产中的常见病和多发病。近二十多年来,随着规模化养猪业的发展,猪链球菌病的发生率不断上升,并与一些其他疾病继发感染或混合感染,如猪蓝耳病、猪圆环病毒病、猪瘟、猪伪狂犬病、副猪嗜血杆菌病、传染性胸膜肺炎等,导致病死率的大幅提高,给养猪生产造成了较大的经济损失。因此,我国农业农村部将猪链球菌病列为二类动物疫病。SS是引起猪链球菌病的主要病原,血清型众多,流行的优势血清型一直呈动态变化,不同血清型菌株之间缺乏交互免疫力,基因型复杂多样,不同菌株之间存在遗传学差异,毒力强弱也差异明显,给猪链球菌病的防控带来了巨大困扰。本研究对源自某集团公司分布在安徽、江苏、山东、河北、广西等五省区家庭农场中的55株SS分离株进行血清分型、毒力基因分型、多位点序列分型（MLST）和毒力评价,旨在探究SS血清型、毒力基因型、MLST基因型的分布特点及其与毒力之间的关系,从而为该集团公司科学防控猪链球菌病提供合理依据和技术支持。本研究将55株SS分离株作为受试菌株进行如下试验:（1）合成SS的35种血清型特异性引物,采用PCR技术对SS分离株进行血清分型;合成SS的6个毒力基因（mrp、epf、sly、orf2、fbps、gapdh）引物,采用PCR技术对SS分离株进行毒力基因分型;合成SS的7个管家基因（aro A、cpn60、dpr、gki、mut S、rec A、thr A）引物,采用PCR技术对SS分离株进行MLST分型,并构建UPGMA系统发育树分析不同地区分离株之间的亲缘关系。（2）以昆明鼠为动物模型,对SS分离株进行致病性试验,筛选出致死率为100%的分离株,并采用累积法测定其LD50。结果显示:（1）55株SS分离株共有9种血清型和未定型,SS4为优势血清型,19株,占比34.5%;共有11种毒力基因型,epf-mrp-sly-gapdh+fbps+orf2+为优势毒力基因型,16株,占比29.1%,SS4的优势毒力基因型为epf+mrp+sly+gapdh+fbps+orf2+;共有21种ST型,ST94为优势ST型,21株,占比38.2%,其中11种ST型为首次发现,存在3个以上等位基因突变,多数同一ST型SS分离株只能对应一种血清型,但同一血清型分离株存在多个ST型,ST1229（江苏及河北分离株）与ST1233（山东分离株）亲缘关系较近,ST94（安徽、江苏及河北分离株）与ST108（河北及江苏分离株）亲缘关系较近。（2）55株SS分离株共筛选出11株致死率为100%的分离株,分别为HBgu18-3（SS4）、HBgu18-4（SS4）、AHhuai18-10（SS4）、AHhuai18-8（SS4）、JSxu18-4（SS4）、AHfu18-1（SS7）、HBgu18-2（SS7）、AHshou18-1（SS4）、JSbin18-1（SS8）、JSxu18-10（SS4）、JSbin18-8（SS8）,其LD50分别为3.39×108CFU/m L、3.54×108CFU/m L、4.57×108CFU/m L、5.01×108CFU/m L、5.17×108CFU/m L、5.37×108CFU/m L、5.62×108CFU/m L、1.0×109CFU/m L、1.67×109CFU/m L、3.0×109CFU/m L、4.47×109CFU/m L。结果表明:（1）该集团公司五省区家庭农场流行的SS血清型种类较多,不同省区流行的血清型有明显差异,SS4为优势血清型;毒力基因型具有多样性,epf-mrp-sly-gapdh+fbps+orf2+为优势毒力基因型,SS4的优势毒力基因型为epf+mrp+sly+gapdh+fbps+orf2+,epf、mrp及sly为毒力差异性基因;ST型呈现多元化趋势,ST94为优势ST型,遗传变异较为明显,种内分化程度较高,ST型与血清型之间存在一定的交叉性,且临近地区的分离株具有较高的同源性。（2）该集团公司五省区家庭农场流行的SS中共有8株强毒株,1株中等毒力菌株,2株弱毒株;其中SS4毒力最强,其次为SS7和SS8;同种血清型中ST94分离株的毒力最强;多数分离株携带的毒力基因种类越多,毒力越强。
李欣欣[7]（2020）在《上海地区成人感染肺炎链球菌及流感嗜血杆菌流行病学及耐药机制研究》文中研究说明肺炎链球菌和流感嗜血杆菌是造成成人呼吸道感染和侵袭性感染的两种常见的苛养细菌,给患者造成极大的医疗经济负担,近年来由于抗生素的广泛使用,使得耐药株不断增多,同时由于采样及检测不规范造成的成人病原体分离率低,以及病原体药敏试验开展不广泛等因素导致相关临床分子流行病学数据不足,在制定相关卫生政策时相关依据不足。目前对于肺炎链球菌和流感嗜血杆菌药敏试验开展不广泛的原因之一是药敏试剂盒种类稀少,且缺乏评估,因此,本研究首先对某国产药敏试剂盒对两种苛养细菌药敏试验结果性能进行了评估,进而分别对成人感染肺炎链球菌和流感嗜血杆菌的血清型,药物敏感性试验、分子流行病学及主要耐药表型和基因型进行了多中心回顾性分析。（1）肺炎链球菌和流感嗜血杆菌药敏试剂盒性能评估:共收集临床肺炎链球菌、流感嗜血杆菌分别为96株和101株进行药敏试验性能评估。其中流感嗜血杆菌药敏试剂盒NH-AST的分类一致率（CA）、基本符合率（EA）、较大偏差（MD）和重大偏差（VDM）分别为97.80%、95.38%、2.07%、3.29%。肺炎链球菌药敏试剂盒STR-AST的CA、EA、MD和VMD分别为96.1%,99.6%,0.2%和0%。（2）肺炎链球菌分子流行病学及耐药性分析:收集上海市2015-2017年上海三家医院成人患者感染肺炎链球菌75株,进行临床抗菌药物的药敏试验（微量肉汤稀释法）、血清学分型、多位点序列分型（MLST）及菌株同源性分析（e BURST软件）等试验。研究结果表明这批菌株,血清型以19F（20.00%）、3（16.00%）、23F（9.33%）为主。肺炎球菌共价结合疫苗PCV7、PVC10和PCV13以及肺炎球菌多糖疫苗PPV23的覆盖率分别为44.00%、45.33%、66.67%以及80.00%。对大环内酯类、克林霉素以及四环素耐药率超过80%,对头孢克洛以及复方新诺明耐药率超过50%。青霉素非敏感肺炎链球菌占16%。分子流行病学上以Spain23F-1、Netherland3-31和Taiwan19F-14三种国际耐药克隆为主。（3）流感嗜血杆菌分子流行病学及耐药性分析:收集上海市2015-2018年上海四家医院成人患者感染流感嗜血杆菌共213株,进行临床抗菌药物的药敏试验（微量肉汤稀释法）、耐药基因扩增、血清学分型、多位点序列分型（MLST）及菌株同源性分析（phyloviz软件）等试验。研究结果表明这批菌株血清型以不可分型流感嗜血杆菌为主（99.06%）;对复方新诺明、氨苄西林以及二代头孢菌素头孢呋辛的耐药率最高,分别为49.3%、39.44%和33.33%。β-内酰胺酶产酶率为29.58%且均为TEM-1型,耐药表型中BLNAR菌株占9.86%,BLPACR菌株5.16%。PBP3关键位点氨基酸置换广泛分布于这些菌株中,耐药基因型中,BLPAR菌株占5.63%,g BLNAR菌株占77.00%。分子流行病学中无明显克隆传播迹象但发现克隆复合体CC503（12.68%）、CC11（7.98%）、CC14（5.63%）以及CC12（7.51%）的存在,并且对g BLNAR菌株的传播有一定作用。综上,某国产流感嗜血杆菌及肺炎链球菌药敏试剂盒药敏结果可靠且试剂盒操作简便,可满足临床微生物药敏试验的需求。上海地区成人感染肺炎链球菌分子流行病学显示为多克隆分布,青霉素非敏感率偏高且多重耐药现象严峻。成人感染的流感嗜血杆菌目前仍呈现多克隆分布但相关克隆复合体流行情况值得关注,复方新诺明、氨苄西林等耐药率偏高,耐药基因型以低耐药BLNAR菌株为主。不管是肺炎链球菌还是流感嗜血杆菌对其耐药率和耐药基因流行情况都仍需要长期连续性监测。
周梦兰[8]（2020）在《中国多中心侵袭性感染肺炎链球菌流行病学、药物敏感性及毒力差异研究》文中研究说明目的:从基因水平、蛋白水平及细胞壁多糖水平对肺炎链球菌（SP）准确鉴定方法学进行探究;分析我国多中心侵袭性SP的血清学分型和分子流行病学分型;对我国侵袭性SP药物敏感性及青霉素结合蛋白（PBP）进行突变分析;研究我国侵袭性SP主要流行血清型毒力差异。方法:本研究纳入北京协和医院181株草绿色链球菌（VGS）及2010-2015年全国27家中心分离的300株侵袭性SP。以16S rRNA和gyrB基因测序为金标准,比较两台质谱仪对181株VGS的鉴定性能。通过流式细胞仪和高分辨率荧光显微镜分析双花扁豆凝集素（Dolichos biflorus agglutinin,DBA）和蜗牛凝集素（Helix pomatia agglutinin,HPA）与不同血清型SP细胞壁的结合情况,通过Janus Cassette和pPEP1表达质粒构建基因敲除及回补株,探究磷酰胆碱酯酶（Pce）对结合的影响。通过荚膜肿胀试验和多位点序列分型（MLST）对300株侵袭性SP进行血清型分型和分子分型,比较多重PCR和cpsB基因测序的方法进行血清分型的准确性。以标准微量肉汤稀释法检测20种抗菌药物的体外敏感性;对pbpla、pbp2b和pbp2x进行扩增测序并分析其位点突变情况,研究青霉素耐药表型与基因型的关系。通过小鼠腹腔感染菌血症模型对我国主要流行血清型进行毒力差异研究,通过荧光定量PCR的方法比较血清群6内不同菌株非荚膜相关毒力基因ply、lytA、nanA、psaA、pspA及HylA的mRNA表达水平。结果:布鲁克质谱对VGS缓症群区分度较差,易将缓症链球菌、口腔链球菌及假肺炎链球菌鉴定为SP。梅里埃质谱IVD系统对SP的鉴定敏感性和特异性高,但由于菌种库限制,缓症链球菌/口腔链球菌以复合体结果展示。基于此结果建立了质谱联合16S rRNA和gyrB基因测序的实验室VGS鉴定流程。DBA/HPA与SP细胞壁磷壁酸结合,依赖于菌株体内Pce活性,首次发现pce allele B,仅见于血清型11A和11E的菌株。我国SP引起的IPD患者中,以儿童居多,尤以5岁以下儿童居多,约占所有侵袭性感染SP疾病的50%,以血流感染为主。共检测出40种血清型,1株不可分型（NT）株,常见血清型依次为23F、19A、19F、3、14、6A 和 6B,PCV7、PCV10、PCV13 及 PPV23 的覆盖率分别为 42.3%、45.3%、73.3%和79.3%。从检测准确性及操作简便性考虑,cpsB基因测序分型优于多重PCR血清分型方法,适合大多数实验室采用。MLST共检测出123种序列型（ST）,其中33个为首次发现,以ST320、ST81、ST271、ST876最为常见,几个主要的克隆复合群与血清型具有明显的对应关系,CC320→19A、CC271→19F、CC81/CC880→23F、CC876→14、CC3173→6A、CC505→3。我国分离的侵袭性SP对厄他培南、左氧氟沙星、莫西沙星、利奈唑胺及万古霉素全部敏感,而对阿奇霉素、克拉霉素、红霉素、克林霉素、氯霉素和四环素耐药率均超过90%。除亚胺培南外,侵袭性SP对其他抗菌药物2010年至2015年耐药率均有所下降。血清型23F、19A和19F是主要的耐药血清型,血清型3敏感性较高;ST271、ST320及ST81是主要的耐药序列型,ST180和ST505对大部分抗菌药物的敏感性较高。疫苗覆盖血清型菌株对大部分抗菌药物耐药率均高于非疫苗覆盖血清型菌株。2010-2015年间疫苗非覆盖血清型菌株对部分抗菌药物年度耐药率呈上升趋势。脑脊液分离的侵袭性SP对青霉素耐药率较高,而非脑脊液（主要为血液来源）分离的侵袭性SP无耐药株。菌株PBP蛋白突变呈高度多样化,主要与青霉素MIC有关,与样本来源、判定折点无关。青霉素MIC值≤0.25μg/ml的菌株均无PBP活性位点突变,1株血清型6A（MIC=0.25 μg/ml）除外（PBP2b活性中心发生T451A突变）。青霉素MIC值≥0.5 μg/ml的菌株均存在不同程度的PBP活性位点突变。青霉素高MIC水平（MIC≥1 μg/ml）的菌株均存在PBP1a活性位点突变,并同时伴有PBP2b和PBP2x突变。非脑脊液来源的侵袭性SP即使表型判定为敏感,仍存在不同PBP活性位点的突变,临床使用需注意。PBP1a分析序列中共检测出105个不同的点突变,PBP2b分析序列中共检测出111个不同的点突变及2个插入突变,2个插入突变YIW和YTW分别位于2株血液来源PSSP中,均为国际首次报道。PBP2x分析序列中共检测出98个不同的点突变。小鼠体内试验显示,血清型3为强毒力血清型,血清型23F、19A、19F和14表现为无毒力,血清群6内不同血清型、不同菌株间毒力水平有所差异。血清群6内菌株各毒力因子的表达水平与动物实验毒力水平间无明显对应关系。结论:梅里埃质谱IVD系统对SP的鉴定性能优于布鲁克质谱,可用于SP的准确鉴定。DBA/HPA可以与不同血清型肺炎链球菌结合,磷酰胆碱酯酶基因pce是DBA/HPA与SP结合的决定性因素,pce allele B仅在血清型11A和11E菌株中发现,或可用于血清型预测。我国侵袭性SP以血清型23F、19A、19F、3、14、6A和6B为主,以ST320、ST81、ST271、ST876最为常见。尽管我国疫苗接种率较低,非疫苗覆盖血清型分离率呈上升趋势,出现血清型转换,可能为抗菌药物选择性压力结果。PBP1a活性位点突变是引起菌株青霉素高MIC水平（MIC≥1μg/ml）的必要条件,但需同时伴有PBP2b和/或PBP2x突变。我国流行血清型3菌株呈高毒力、低耐药特点。血清型23F、19A、19F、14呈低毒力、高耐药特点,而血清型6A、6B及6C的菌株间毒力水平不一。本研究为提高常规实验室SP准确鉴定能力、了解我国侵袭性感染SP血清学、分子型别、耐药性及主要流行血清型毒力情况提供了重要的参考依据,也为我国疫苗的使用或研发提供流行病学基础。
张丽丽,侯秋苹,姚蓓[9]（2020）在《184例儿童感染肺炎链球菌的血清型分布及其耐药性分析》文中研究指明目的分析184例儿童感染肺炎链球菌的血清型分布及其耐药性情况。方法选取2014年1月至2017年12月我院呼吸道感染患儿2828例,进行痰液培养,分析病原菌检出情况,肺炎链球菌分布情况、血清分型以及对抗生素耐药性情况。结果 2828例患儿的痰标本共检出674株病原菌（23.83%）,其中肺炎链球菌184例,检出率为6.51%。年龄1个月～1岁患儿感染肺炎链球菌发生率为52.17%,明显高于1～3岁、3～6岁患儿的25.54%、22.28%（P<0.05）;冬季患儿感染肺炎链球菌发生率为53.26%,明显高于春季、夏季、秋季的19.02%、13.05%、14.67%（P<0.05）;184株肺炎链球菌共涉及11个血清型/群,主要分布于19F、19A、14型、9V、23F、6B、8型、7F、7A、其他等,另有11株未能分型。青霉素（脑膜炎）的不敏感率高达83.33%,明显高于青霉素（非脑膜炎）的63.24%（P<0.05）;而头孢曲松对感染肺炎链球菌脑膜炎或非脑膜炎患儿的敏感率比较,无统计学意义（P>0.05）。患儿感染肺炎链球菌的青霉素（脑膜炎）、红霉素、四环素、复方新诺明、头孢克罗、克林霉素耐药检出率分别为72.91%、86.96%、89.13%、79.89%、80.43%、77.23%;而万古霉素、氯霉素、左氧氟沙星、氧氟沙星、莫西沙星、头孢曲松敏感率分别为100.00%、95.65%、98.38%、91.85%、92.94%、91.85%。结论儿童感染肺炎链球菌存在明显的年龄、季节、血清分布与耐药性差异,此研究结果对儿童肺炎抗感染治疗经验性抗生素选择有指导意义。
曹玉雯[10]（2020）在《111株儿童感染肺炎链球菌血清分型、毒力耐药基因与药物敏感性研究》文中研究说明目的:对收集自儿童的111株非重复肺炎链球菌（Streptococcus pneumonia,Spn）菌株,进行儿童肺炎链球菌病例的流行病学特征及临床病例特点的分析;掌握儿童Spn的血清型及疫苗覆盖情况,对常见抗生素的耐药性以及三者之间的联系进行分析,以了解本研究中分离的肺炎链球菌菌株的血清型分布特点,为相关疫苗的研发和选用提供数据支持,同时为临床医生合理选择使用抗生素提供参考依据。方法:收集2017年1月-2018年12月河北省儿童医院分离的111株非重复肺炎链球菌,分析菌株来源病例的流行病学特征;通过Optochin敏感试验、胆汁溶解试验对菌株进行生化鉴定;通过多重聚合酶链式反应（Multiple Polymerase Chain Reaction,m PCR）对所有菌株进行血清群/型分型;通过普通PCR检测毒力、耐药基因携带情况;参照临床和实验室标准（Clinical and Laboratory Standards Institute,CLSI）,应用微量营养肉汤稀释法对收集菌株进行最小抑菌浓度（Minimal Inhibitory Concentration,MIC）值的测定以及药物敏感性的判定。结果:1.Spn菌株来源病例的基本特征:分离出111株肺炎链球菌菌株,菌株均分离自≤12岁儿童,5岁以下儿童95株,占比85.59%。73株来自诊断为侵袭性肺炎链球菌疾病（Invasive Pneumococcal Disease,IPD）的病例,38株来自诊断为非侵袭性肺炎链球菌疾病（Non-Invasive Pneumococcal Disease,NIPD）的病例。IPD的标本主要来源为患病儿童的全血（53株,72.60%）、脑脊液（16株,21.92%）;NIPD的标本主要来源为患病儿童的五官分泌物（20株,52.63%）、脓液（16株,42.11%）。111株Spn中61株分离自男性,50株分离自女性,男女比例为1.22:1。2.Spn菌株的生化结果:111株菌株经Optochin敏感试验、胆汁溶解试验鉴定显示均为Spn,m PCR鉴定血清群的种属基因cps A出现特异性条带,进一步说明111株均为Spn。3.Spn菌株血清群/型的鉴定及疫苗的覆盖率:111株Spn菌株中,107株（96.40%）成功进行了血清分型,共检出17种血清型。主要的流行血清型为19F,其次为19A、14、6、23F。PCV7、PCV10、PCV13的血清型覆盖率分别为60.36%、67.57%、87.39%,三种疫苗的覆盖率在PDs、IPD和NIPD组差异均有统计学意义（P<0.05）,PCV13疫苗的血清型覆盖率高于PCV7。对于2岁以上儿童PCV13疫苗、PPSV23疫苗覆盖率高于PCV7疫苗,而PCV13疫苗与PPSV23疫苗覆盖率差异无统计学意义。4.毒力基因与耐药基因携带情况:毒力基因lyt A、lyt B与nan A的携带率最高为100.00%,其次为pav、iga、ply与hys A,携带率分别为97.30%、95.50%、98.20%、92.79%,rrg A基因携带率较低为38.74%;红霉素相关耐药基因中,erm（B）基因、mef（A/E）基因携带率分别为96.40%和32.43%;四环素耐药基因tet（M）携带率为95.50%;氟喹诺酮耐药相关基因gyr A携带率为97.30%。5.耐药性:成功对110株Spn菌株进行耐药性检测。Spn菌株对万古霉素和左氧氟沙星敏感率为100%。大多数Spn菌株对利福平（99.09%）、氯霉素（90.91%）敏感,但大多数菌株对青霉素脑膜炎型（81.25%）、红霉素（100%）、克林霉素（96.36%）、多西环素（80.91%）、复方新诺明（58.18%）表现出较高的耐药性。89.09%的菌株出现多重耐药,多重耐药模式以红霉素/克林霉素/多西环素/复方新诺明为主。不同血清型对青霉素、多西环素、复方新诺明、氯霉素的耐药性差异有统计学意义（P<0.05）,说明不同血清型的Spn菌株耐药性有差异。结论:1.本研究Spn菌株来源儿童病例中,从分类看以IPD病例为主,从年龄看以5岁以下儿童为主。2.本研究自2017-2018年中分离的Spn菌株主要流行的血清型为19F、19A、14、6、23F。PCV13疫苗的覆盖率达到87.39%,高于其他疫苗的覆盖率,本研究人群引入PCV13疫苗对于肺炎链球菌性疾病的防控有重要意义。在考虑经济条件时本地区2岁以上儿童除选用PCV13疫苗外还可选用PPSV23。3.本研究检测Spn菌株毒力基因中rrg A基因在血清型19A、19F中的携带率高于其他血清型。rrg A基因可能与血清型19A、19F的高发病率与高致病性有关。本地区红霉素、四环素耐药机制分别主要由erm（B）基因、tet（M）基因介导。4.本研究自2017-2018年中分离的肺炎链球菌菌株的耐药情况严重,红霉素、克林霉素的耐药情况严重,但对万古霉素、左氧氟沙星、利福平有较好的敏感性。本研究中Spn菌株存在严重的多重耐药现象,且不同血清型对不同抗菌药物的耐药性有差异。
二、肺炎链球菌的耐药性及其血清型分布调查（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、肺炎链球菌的耐药性及其血清型分布调查（论文提纲范文）
（1）儿童侵袭性肺炎链球菌感染的血清型和耐药性（论文提纲范文）
| 1 对象与方法 |
| 1.1 研究对象 |
| 1.2 菌种来源 |
| 1.3 菌株培养方法 |
| 1.4 菌株分离与鉴定 |
| 1.5 血清型分型 |
| 1.6 药敏检测 |
| 1.7 统计学方法 |
| 2 结果 |
| 2.1 一般资料 |
| 2.2 血清型分布 |
| 2.3 疫苗覆盖情况 |
| 2.4 药敏结果 |
| 2.5 不同血清型肺炎链球菌对各抗菌药物的耐药结果 |
| 2.6 转归与预后 |
| 3 讨论 |
（4）肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2020版）（论文提纲范文）
| 1 病原学 |
| 1.1 生物学性状 |
| 1.2 致病机制 |
| 1.3 实验室检查 |
| 2 临床学 |
| 2.1 PD |
| 2.2 诊断 |
| 2.3 治疗 |
| 2.4 抗生素的耐药性 |
| 3 流行病学 |
| 3.1 传染源、传播途径和易感人群 |
| 3.2 疾病负担 |
| 3.2.1 全球疾病负担 |
| 3.2.2 中国疾病负担 |
| 3.2.3 血清型分布 |
| (1)全球血清型分布 |
| (2)中国血清型分布 |
| 4 疫苗 |
| 4.1 疫苗研发进展 |
| 4.1.1 多糖疫苗 |
| 4.1.2 多糖结合疫苗 |
| 4.1.3 未来疫苗 |
| 4.2 疫苗免疫原性 |
| 4.2.1 PCV免疫原性 |
| (1)PCV7和PCV13“3+1”免疫程序能诱导良好的免疫应答 |
| (2)PCV7和PCV13“2+1”免疫程序诱导的免疫应答亦较好 |
| (3)PCV13在较大年龄儿童中也具有较好的免疫原性 |
| (4)既往接种过PCV7者接种PCV13免疫原性 |
| (5)PCV13在成人中的免疫原性 |
| 4.2.2 PPV23免疫原性 |
| 4.2.3 PCV13与PPV23免疫原性比较 |
| 4.2.4 PCV和PPV23序贯程序的免疫应答 |
| 4.2.5 同时接种的免疫原性 |
| 4.2.6 在特殊人群中的免疫原性 |
| (1)PCV在特殊人群的免疫原性 |
| (2)PPV23在特殊人群的免疫原性 |
| (3)两种疫苗序贯接种在特殊人群中的免疫原性 |
| 4.3 疫苗的效力或效果 |
| 4.3.1 PCV7 |
| 4.3.2 PCV13 |
| (1)预防IPD的效果 |
| (2)预防CAP的效果 |
| (3)预防其他非侵袭性疾病效果 |
| (4)降低Spn携带率的效果 |
| 4.3.3 PPV23 |
| 4.3.4 同时接种效果 |
| 4.3.5 特殊人群效果 |
| 4.4 免疫持久性 |
| 4.5 疫苗安全性 |
| 4.5.1 局部反应 |
| (1)PCV7和PCV13 |
| (2)PCV10 |
| (3)PPV23 |
| 4.5.2 全身反应 |
| (1)PCV7和PCV13 |
| (2)PPV23 |
| 4.5.3 上市后研究发现的罕见事件或安全性信号 |
| (1)热性惊厥风险 |
| (2)急性严重过敏反应 |
| (3)其他罕见事件 |
| 4.5.4 不同疫苗比较 |
| (1)临床试验 |
| (2)上市后研究和Meta分析等 |
| 4.5.5 不同疫苗同时接种 |
| 4.5.6 PPV23复种 |
| 4.5.7 特殊人群疫苗接种 |
| (1)器官移植患者 |
| (2)免疫功能低下患者 |
| (3)早产儿 |
| 4.5.8 新疫苗 |
| 4.6 成本效果 |
| 4.6.1 PCV |
| 4.6.2 PPV23 |
| 5 WHO、ACIP和英国接种建议 |
| 5.1 WHO接种建议[35] |
| 5.2 ACIP接种建议[393-397] |
| 5.3 英国接种建议[398,399] |
| 5.3.1 ≤2岁儿童PCV13免疫程序 |
| 65岁成年人'>5.3.2 ≥2岁高危人群和>65岁成年人 |
| 5.3.3 高风险人群接种建议 |
| 6 中国接种PCV13和PPV23的建议[168,400-403] |
| 6.1 接种对象 |
| 6.1.1 PCV13 |
| 6.1.2 PPV23 |
| 6.2 接种程序 |
| 6.2.1 PCV13 |
| 6.2.2 PPV23 |
| 6.3 接种途径和剂量 |
| 6.3.1 PCV13 |
| 6.3.2 PPV23 |
| 6.4 接种禁忌和注意事项 |
| 6.5 不同厂家产品的替换使用 |
| 7 非疫苗预防措施 |
| 8 后续有待研究的相关问题 |
| 8.1 病原学和血清学检测 |
| 8.2 致病机制 |
| 8.3 致病起始年龄人群的差异 |
| 8.4 致病菌血清型谱分布随年龄的变化 |
| 8.5 抗生素耐药随着年龄、地理区域等变化 |
| 8.6 预防带菌的研究结果不一致 |
| 8.7 疫苗应用后非疫苗血清型成为优势菌株的潜力 |
| 8.9 抗体持久性与发病的关系 |
| 8.10 理想的肺炎球菌疫苗 |
| 8.11 结合蛋白与含有同类蛋白疫苗间的影响 |
| 8.12 PPV23接种率的提高 |
| 8.13 中国PCV13适应症人群 |
| 8.14 中国PPV23上市后说明书涉及的问题 |
| 8.15 中国PD疾病负担 |
| 8.16 中国肺炎球菌疫苗应用成本效益 |
（6）源自家庭农场病猪的猪链球菌分子分型与毒力评价（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 主要缩写和符号表 |
| 文献综述 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 受试菌株 |
| 2.1.2 试验动物 |
| 2.1.3 主要培养基及试剂 |
| 2.1.4 主要培养基及试验溶液配制 |
| 2.1.4.1 TSA-YE培养基 |
| 2.1.4.2 TSB-YE培养基 |
| 2.1.5 主要仪器和设备 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 55株SS分离株的血清分型 |
| 2.2.1.1 DNA的提取 |
| 2.2.1.2 PCR引物的合成 |
| 2.2.1.3 PCR扩增 |
| 2.2.1.4 琼脂糖凝胶电泳 |
| 2.2.2 55株SS分离株的毒力基因分型 |
| 2.2.2.1 DNA的提取 |
| 2.2.2.2 PCR引物的合成 |
| 2.2.2.3 PCR扩增 |
| 2.2.2.4 琼脂糖凝胶电泳 |
| 2.2.3 55株SS分离株的MLST分型 |
| 2.2.3.1 菌株DNA的提取 |
| 2.2.3.2 PCR引物的合成 |
| 2.2.3.3 PCR扩增 |
| 2.2.3.4 琼脂糖凝胶电泳 |
| 2.2.3.5 MLST分析 |
| 2.2.4 55株SS分离株对小鼠的致病性试验 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 55株SS分离株的血清分型结果 |
| 3.2 55株SS分离株的毒力基因分型结果 |
| 3.3 55株SS分离株的MLST分型结果 |
| 3.4 55株SS分离株对小鼠的致病性试验结果 |
| 4 讨论 |
| 4.1 SS分离株的分子分型 |
| 4.2 SS分离株的毒力评价 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
| 附录 |
（7）上海地区成人感染肺炎链球菌及流感嗜血杆菌流行病学及耐药机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略词 |
| 绪论 |
| 第一部分 流感嗜血杆菌及肺炎链球菌药敏试剂盒评估 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 试剂与仪器 |
| 2.3 实验方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 流感嗜血杆菌NH-AST药敏评估结果 |
| 3.2 肺炎链球菌STR-AST药敏评估结果 |
| 4 讨论及小结 |
| 第二部分 上海地区成人感染肺炎链球菌分子流行病学调查 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 试剂与仪器 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.4 统计学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 菌株及患者临床信息 |
| 3.2 血清型分布 |
| 3.3 药敏试验结果 |
| 3.4 MLST分型结果 |
| 4 讨论及小结 |
| 第三部分 上海地区成人感染流感嗜血杆菌分子流行病学及耐药机制 |
| 1 引言 |
| 2 材料和方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 试剂与仪器 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.4 统计学分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 菌株及患者临床信息 |
| 3.2 血清型分布及药敏结果 |
| 3.3 PBP3 氨基酸置换与流感嗜血杆菌耐药基因型分类 |
| 3.4 MLST分型结果 |
| 4 讨论及小结 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 学术论文和科研成果目录 |
（8）中国多中心侵袭性感染肺炎链球菌流行病学、药物敏感性及毒力差异研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 引言 |
| 第一部分 肺炎链球菌准确鉴定方法学研究 |
| 材料与方法 |
| 一、主要仪器设备及试剂材料 |
| 二、实验方法 |
| 1.实验室鉴定方法评价 |
| 2. DBA与HPA作为肺炎链球菌细胞壁表面标记物探究 |
| 结果 |
| 1. 草绿色链球菌实验室鉴定方法学结果评价 |
| 2. DBA及HPA与肺炎链球菌细胞壁作用研究 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 第二部分 中国多中心侵袭性感染肺炎链球菌流行病学研究 |
| 材料与方法 |
| 一、主要仪器设备及试剂材料 |
| 二、实验方法 |
| 1. 荚膜肿胀试验分型 |
| 2. 多重PCR分型(mPCR) |
| 3. CpsB基因测序分型 |
| 4. 多位点序列分型(MLST) |
| 结果 |
| 1. 中国多中心侵袭性感染肺炎链球菌流行病学分布 |
| 2. 血清型分布 |
| 3. 肺炎链球菌血清型检测方法学比较 |
| 4. 中国多中心侵袭性感染肺炎链球菌分子流行病学特征 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 第三部分 中国多中心侵袭性感染肺炎链球菌药物敏感性及青霉素结合蛋白(PBP)突变分析 |
| 材料与方法 |
| 一、实验材料 |
| 二、实验方法 |
| 1. 体外抗菌药物敏感性试验 |
| 2. PBP基因扩增测序 |
| 结果 |
| 1. 中国多中心侵袭性感染肺炎链球菌体外抗菌药物敏感性分析 |
| 2. 中国多中心侵袭性感染肺炎链球菌PBP突变分析 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 第四部分 侵袭性肺炎链球菌主要流行血清型毒力差异研究 |
| 材料与方法 |
| 一、主要仪器设备及试剂材料 |
| 二、 实验方法 |
| 1. 伦理申明 |
| 2. 试验菌株选取 |
| 3. 动物实验准备 |
| 4. 小鼠菌血症模型建立 |
| 5. 不同血清型毒力比较 |
| 6. 非荚膜相关毒力基因表达量分析 |
| 结果 |
| 1. 小鼠腹腔感染菌血症模型建立 |
| 2. 不同血清型感染小鼠血液肺炎链球菌载量及存活率 |
| 3. 血清型6ABC菌株毒力基因表达比较 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 全文结论 |
| 参考文献 |
| 论文综述 肺炎链球菌鼻咽部定植及胞内感染的致病机制研究进展 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
（9）184例儿童感染肺炎链球菌的血清型分布及其耐药性分析（论文提纲范文）
| 资料与方法 |
| 一、研究对象 |
| 二、方法 |
| 1 标本采集 |
| 2 细菌培养鉴定 |
| 3 细菌血清分型 |
| 4 药物敏感性试验 |
| 三、统计学处理 |
| 结 果 |
| 一、674株病原菌检出情况 |
| 二、184例肺炎链球菌分布情况 |
| 三、肺炎链球菌血清型分型 |
| 四、肺炎链球菌对抗生素耐药性分析 |
| 讨 论 |
（10）111株儿童感染肺炎链球菌血清分型、毒力耐药基因与药物敏感性研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 英文缩写 |
| 前言 |
| 材料与方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 肺炎链球菌的研究进展 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 个人简历 |
四、肺炎链球菌的耐药性及其血清型分布调查（论文参考文献）
- [1]儿童侵袭性肺炎链球菌感染的血清型和耐药性[J]. 吕志勇,姚开虎,宋文琪,董方,甄景慧,孟庆盈,苏建荣. 中国感染控制杂志, 2021(07)
- [2]肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2020版）[J]. 中华预防医学会,中华预防医学会疫苗与免疫分会. 中华流行病学杂志, 2020(12)
- [3]肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2020版）[J]. 中华预防医学会,中华预防医学会疫苗与免疫分会. 中华预防医学杂志, 2020(12)
- [4]肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2020版）[J]. Chinese Preventive Medicine Association;Vaccine and Immunology Branch of the Chinese Preventive Medicine Association;. 中国疫苗和免疫, 2021(01)
- [5]肺炎球菌性疾病免疫预防专家共识（2020版）[J]. 中华预防医学会,中华预防医学会疫苗与免疫分会. 中华流行病学杂志, 2020(12)
- [6]源自家庭农场病猪的猪链球菌分子分型与毒力评价[D]. 袁献宇. 安徽农业大学, 2020(03)
- [7]上海地区成人感染肺炎链球菌及流感嗜血杆菌流行病学及耐药机制研究[D]. 李欣欣. 上海交通大学, 2020(01)
- [8]中国多中心侵袭性感染肺炎链球菌流行病学、药物敏感性及毒力差异研究[D]. 周梦兰. 北京协和医学院, 2020(05)
- [9]184例儿童感染肺炎链球菌的血清型分布及其耐药性分析[J]. 张丽丽,侯秋苹,姚蓓. 临床肺科杂志, 2020(04)
- [10]111株儿童感染肺炎链球菌血清分型、毒力耐药基因与药物敏感性研究[D]. 曹玉雯. 河北医科大学, 2020(02)