一、浅谈多脊椎蒙古羊及其Homeobox基因（论文文献综述）
郭思武,储明星,刘玉芳[1]（2022）在《绵羊KIAA2012与UTP20多态、胴体品质性状关联与生物信息学分析》文中认为为探究KIAA2012和UTP20多态性与胸椎数间的关联性,筛选胸椎数相关重要分子标记,利用Sequenom MassARRAY?SNP技术检测苏尼特羊和小尾寒羊中与胸椎数相关候选基因KIAA2012和UTP20的单核苷酸多态性（SNPs）位点,开展群体遗传学分析,并与胸椎数进行关联分析;利用生物信息学分析工具对KIAA2012和UTP20的遗传特征进行分析。结果表明,UTP20 g.170058254G>A位点在苏尼特羊群体中突变型（GA）胸椎数显着（P<0.05）高于野生型（GG）,g.170053888G>A和g.170072471G>A在小尾寒羊和苏尼特羊中均与胸椎数没有显着相关;KIAA2012 g.203440537A>G、g.203424302A>G、g.203440384A>T在小尾寒羊和苏尼特羊中与胸椎数均没有显着相关（P>0.05）。SNPs与胴体长度分析结果表明,在小尾寒羊KIAA2012 g.203440537A>G中,突变型（GA）胴体长度显着（P<0.05）高于野生型（GG）。生物信息学分析表明,KIAA2012为亲水蛋白,UTP20为疏水蛋白,两者蛋白结构均不稳定,无跨膜结构域。综上所述,UTP20 g.170058254G>A位点与苏尼特羊胸椎数性状显着相关,KIAA2012 g.203440537A>G与小尾寒羊胴体长度性状显着相关,可作为调控绵羊胸椎数变异潜在的分子辅助标记。
郭思武[2]（2021）在《绵羊胴体性状相关重要候选基因SNPs筛选》文中研究说明小尾寒羊与苏尼特羊是我国优良地方肉裘兼用型绵羊品种之一,具有生长发育快、适应能力强、遗传稳定等特点。然而,影响小尾寒羊与苏尼特羊胴体性状的调控机制仍不明晰,通过分子辅助标记选育进度较慢。因此,针对能够显着提高家畜胴体性状的胸椎数与胴体长性状,挖掘小尾寒羊、苏尼特羊相关候选基因,加快小尾寒羊和苏尼特羊的选育进程,提高绵羊产业的经济效益。基于前期获得的部分GWAS数据,针对小尾寒羊、苏尼特羊胸椎数与胴体长性状,获得了显着影响绵羊胴体性状的重要相关候选基因,即OSBPL11、PAEP、ALDH1A2、KIAA2012、UTP20、HERC1、ALDH6A1、IQCA1、PARS2及ANO7,共发现了22个SNPs位点。本研究采用383只小尾寒羊与苏尼特羊,将胸椎数分为正常组（T13）和突变组（T14）,对绵羊背最长肌组织进行采样,提取DNA。通过KASP测序分型技术,在绵羊群体中对这些位点进行验证,并与表型数据关联分析。结果显示,在这10相关候选基因中,OSBPL11、PAEP、ALDH6A1、ALDH1A2与IQCA1各发现1个SNP,分别为g.208040464A>G、g.3830771G>A、g.89180657T>C、g.53608636G>A、g.4692837G>A;KIAA2012有3个SNPs,分别为g.218577177A>G、g.218560972G>A、g.218577024A>T;UTP20有3个SNPs,分别为g.182904872A>G、g.182909238G>A、g.182923455G>A;HERC1有3个SNPs,分别为g.47373236G>A、g.47394074T>G、g.47398452A>G;PARS2有4个SNPs,分别为g.30789785C>T、g.30789946T>A、g.30789995C>T、g.30790544T>C;ANO7有4个SNPs,分别为g.535119G>A、g.535343T>C、g.541221C>T、g.541186T>C。与表型数据关联分析发现,在小尾寒羊中,KIAA2012 g.218577177A>G和HERC1g.47373236G>A与胴体长关联显着（P<0.05）;在苏尼特羊中,ALDH1A2g.53608636G>A与UTP20 g.182909238G>A与胸椎数关联显着（P<0.05）,其余18个SNPs均与胸椎数及胴体长性状关联不显着（P>0.05）。综上所述,KIAA2012 g.218577177A>G、HERC1 g.47373236G>A、ALDH1A2 g.53608636G>A和UTP20 g.182909238G>A 4个SNPs位点可作为潜在影响绵羊胴体性状的辅助选择标记,为提高绵羊生产性能,制备筛选绵羊胸椎数与胴体长性状特异性探针试剂盒提供数据支持。
马敏[3]（2020）在《HOXA10对绵羊肌肉间充质干细胞的成骨和成脂分化调控机制的研究》文中进行了进一步梳理间充质干细胞（mesenchymal stem cells,MSCs）是一类存在于骨髓、脂肪、肌肉、肺、肝等多种组织中的干细胞群,能够分化为脂肪、骨和肌肉等多种细胞类型。作为骨细胞和脂肪细胞的共同来源,MSCs在成骨、成脂分化之间保持着微妙的平衡。转录因子在MSCs成骨分化、成脂分化的命运决定中发挥着十分重要的作用,大量体外研究表明诱导成骨的因子常抑制成脂,而诱导成脂的因子常抑制成骨。HOXA10是HOX转录因子家族的成员之一,参与胚胎发育、细胞增殖、凋亡、分化和肿瘤发生等多种生物过程的遗传控制。绵羊作为一种重要的家畜品种,是人类肉食的重要来源之一。绵羊骨骼尤其是脊椎的正常发育对其胴体重量具有重要影响,而肌内脂肪（intramuscular fat,IMF）的含量则是决定羊肉质量的重要因素之一。HOXA10对这两种组织的发育具有重要的调控作用,但迄今为止,有关HOXA10在绵羊中的功能研究很少见到。因此,本研究旨在探讨HOXA10在绵羊MSCs的细胞增殖、凋亡、成脂、成骨分化中的作用,并阐释其调控成脂、成骨分化的相关机制。本研究由两个部分构成。在第一部分中,我们从3月龄绵羊胎儿骨髓和骨骼肌中分离MSCs,分别称为绵羊骨髓间充质干细胞（sheep bone marrow MSCs,sBMSCs）和绵羊肌肉间充质干细胞（sheep muscle-derived MSCs,sMDSCs）;然后,以HOXA10内源性表达水平较低的sMDSCs为研究对象,研究HOXA10过表达对细胞增殖、凋亡和成骨、成脂分化的影响。从3月龄绵羊胎儿的骨髓和骨骼肌中,我们成功分离到了sBMSCs和sMDSCs。在体外培养时,这两种细胞的形态与成纤维细胞高度相似,表达MSCs阳性标记分子CD44、CD90和CD105,不表达阴性标记分子CD34、CD45和Desmin。与绵羊胎儿成纤维细胞（sFFs）相比,多能性和自我更新相关因子OCT4、NANOG、AKP和TERT在sBMSCs和sMDSCs中显着高表达,而SOX2表达几乎没有差异。在适当的诱导条件下,sBMSCs和sMDSCs都能够分化为骨细胞和脂肪细胞。以上结果表明,我们分离所得sBMSCs和sMDSCs具有自我更新能力和成脂、成骨分化能力,可用于后续对成脂、成骨分化机理的研究。通过qRT-PCR技术,我们检测了sBMSCs和sMDSCs中内源HOXA10的表达水平,选择了内源HOXA10表达水平较低的sMDSCs作为后续研究材料。通过使用HOXA10过表达载体转染sMDSCs,研究HOXA10过表达对细胞增殖、凋亡、成骨和成脂分化的影响。研究结果显示,HOXA10过表达能促进sMDSCs增殖,并显着提高S期和G2/M期的细胞百分比。而且,在sMDSCs中过表达HOXA10后,PCNA、Cyclin A、Cyclin D2、CDK4的表达量显着上调,p57表达量显着下调,暗示HOXA10可能通过减弱p57对Cyclin D-CDK4的抑制作用而加快细胞周期进程,从而促进细胞增殖。此外,HOXA10过表达抑制sMDSCs的凋亡,上调凋亡抑制因子BCL2的表达而下调Cleaved CASPASE3和促凋亡因子BAX的表达。双荧光素酶活性实验证明HOXA10可直接上调BCL2的启动子活性,可能和HOXA10抑制sMDSCs凋亡相关。此外,HOXA10过表达还可激活PI3K/AKT/mTOR/p70S6K信号通路,可能也和HOXA10促增殖、抑凋亡的作用有关。前人的研究证明,HOXA10通过直接激活成骨分化相关基因RUNX2、OCN和ALPL的转录而调控成骨分化。我们的研究发现HOXA10过表达能显着上调成骨分化相关因子RUNX2、OPN和ALPL mRNA和蛋白表达水平,最终促进sMDSCs的成骨分化。在成脂分化方面,我们发现HOXA10过表达可促进FABP4而抑制LPL mRNA和蛋白的表达,最终抑制sMDSCs中的脂质积累。使用JASPAR数据库,我们预测FABP4的启动子区域存在6个潜在HOXA10结合位点,LPL的启动子区域存在3个潜在HOXA10结合位点。随后的双荧光素酶活性实验证明HOXA10可直接上调FABP4的启动子活性而下调LPL的启动子活性。在此基础上,我们推测,至少在一定程度上,HOXA10可通过调节FABP4和LPL的转录水平来调控sMDSCs的成脂分化。在第二部分研究中,为了进一步阐明HOXA10在sMDSCs中的功能及其分子机制,我们使用CRISPR/Cas9技术和基于pcDNA3.1（+）的HOXA10过表达载体分别构建HOXA10敲除和过表达单克隆细胞系,然后通过转录组测序和比较分析对HOXA10的作用机制进行研究。使用在线工具E-CRISPR和Cas-OFFinder进行sgRNA的设计和分析后,我们通过T7E1酶切实验检测了各sgRNA的打靶和脱靶效率。综合评估打靶和脱靶效率两个因素后,我们选择了一对靶向绵羊HOXA10外显子1的sgRNAs进行HOXA10敲除。通过PCR扩增和测序对所得单克隆细胞系的基因型进行鉴定,结果显示不同单克隆细胞系的HOXA10基因在相同位置处发生突变,表明双sgRNA介导的CRISPR/Cas9基因编辑比单个sgRNA更加高效。特别地,纯合型单克隆细胞系HOXA10-KO-1在HOXA10外显子1上发生74 bp的双等位基因缺失（核苷酸位置34到107）,可能导致该基因开放阅读框位移和早期翻译终止,从而造成同源域（homeodomain）丢失。另一方面,通过G418选择培养、qRT-PCR和Western Blot验证,我们获得了稳定的HOXA10过表达细胞系及其对照细胞系。接下来,我们对HOXA10敲除和过表达单克隆细胞系进行了RNA测序和全转录组分析。首先,我们从HOXA10纯合子敲除细胞系HOXA10-KO-1（HOXA10-KO）、野生型细胞系（WT）、HOXA10过表达细胞系HOXA10-OV-4（HOXA10-OV）和对照细胞Contr-4（Contr）中各提取3个总RNA的生物重复样品,4种样品被分为两组进行了基因表达谱分析:（I）HOXA10-KO vs WT（II）HOXA10-OV vs Contr。以|log2 Fold change|≥1.0和q<0.05为标准筛选显着差异基因（differentially expressed genes,DEGs）。通过比较组（I）和组（II）的DEGs,我们获得了172个潜在的HOXA10靶标基因,包括42个正调控基因和130个负调控基因。随机选出22个基因进行qRT-PCR验证,结果显示测序结果是可信的。GO-term富集分析显示,潜在HOXA10靶基因主要与细胞过程、生物调节、代谢过程和发育过程等生物过程相关,指出HOXA10在转录调节、分子功能和信号传导中可能具有重要作用。此外,27条显着富集的KEGG信号通路（P≤0.05）则为研究HOXA10调节分化、发育和其他生物学过程的机制提供了有价值的信息。NLRP3是HOXA10的潜在靶基因之一。基于JASPAR数据库的预测结果显示NLRP3的启动子区域存在3个潜在HOXA10结合位点;随后的双荧光素酶活性实验证明HOXA10可直接下调NLRP3启动子的活性。NLRP3是一种可以被多种因素激活的细胞内传感器,激活的NLRP3可与ASC（apoptotic speck protein）和procaspase-1形成炎症小体。在本研究中,我们证明通过LPS和PA处理激活NLRP3炎症小体会减弱HOXA10对sMDSCs的促成骨、抑成脂作用,即NLRP3炎症小体参与了HOXA10对sMDSCs成脂、成骨分化的调控,为进一步阐释HOXA10调控成脂和成骨分化的机制提供了实验依据。
高琦璨[4]（2020）在《德州驴种质资源研究》文中指出德州驴为我国优质的大型皮肉、役用兼用品种,适应性强、耐粗饲、抗病性强。根据外貌差异分成“三粉驴”和“乌头驴”2个品系,除毛色差异外,其他生产性能方面的比较研究报道较少。体长性状是家畜重要的经济性状,脊椎数目是直接影响家畜体长的重要因素,可导致生产性能发生改变,进而影响家畜的经济效益。体长性状最主要的决定因素是胸、腰椎的数目和长度,已有研究发现VRTN和NR6A1为猪脊椎数目变异的因果突变基因,因此本研究拟选择这两个基因作为德州驴脊椎数目变异的候选基因,通过对DNA直接测序对前期本课题组重测序发现的突变位点进行检测;分析候选基因多态性位点的Hardy-Weinberg平衡（HWE）和遗传多态性;利用Haploview 4.2对候选基因基因中的多态性位点进行连锁不平衡分析并推测单倍型,利用SPSS 24.0软件一般线性模型分析VRTN和NR6A1基因多态性位点和不同单倍型与德州驴胸腰椎数性状、生产性状的相关性,为未来培育多胸腰椎性状驴的新品种（品系）提供分子标记。1三粉驴和乌头驴生产性能的初步研究本文拟通过对三粉驴和乌头驴两个试验群体的体尺性状、屠宰性状和脏器指数比较研究分析,了解两个品系在生产性能方面的异同,为进一步种质创新提供基础资料。以两个驴场的40头三粉驴和9头乌头驴为研究对象,系统研究德州驴两个品系体尺性状、屠宰性能及脏器系数等性状特点。研究结果发现,三粉驴的屠宰率为54.02%,净肉率为42.43%,净皮率为8.12%;乌头驴的屠宰率为53.71%,净肉率为40.32%,净皮率为9.41%。表明三粉驴更适合于向肉用驴品系进行培育,乌头驴更适合于向皮用驴品系进行培育。同乌头驴相比,三粉驴的肝脏系数较高,并且小肠、盲肠显着较长（p<0.01）,推测三粉驴具有更加优良的消化及代谢能力,可能是其具有更优异产肉性能的原因之一。2德州驴多胸腰椎性状分析以555头德州驴作为实验对象,研究德州驴多胸腰椎数的变异情况及其与体尺性状和生产性状的相关性。结果发现德州驴的正常的胸腰椎数目为T18L5（T:胸椎;L:腰椎）,群体中还存在T18L6、T17L6、T19L5、T17L5四种多胸腰椎数的变异类型。通过不同胸腰椎组合类型与体尺性状的相关性分析发现,增加一根胸椎或腰椎会导致体长分别增加5.1 cm和2 cm,胴体重分别增加11.1 kg和2.8 kg。体尺性状、屠宰性状及胸腰椎数目、长度相关性分析表明,体长与胸椎长度、腰椎长度和胸椎椎总数存在极显着相关性,因此在以后育种工作中可以优先选择多胸腰椎性状的个体。3 VRTN和NR6A1基因与多胸腰椎性状及与生产性状的关联分析根据本课题组前期对德州驴进行全基因组测序获得VRTN基因序列,设计了6对引物,以每头驴的血液基因组DNA为模板,扩增VRTN基因上下游4000 bp区域及整个基因的全部序列。本课题组重测序的基因组序列显示VRTN基因全长2137 bp,并且全部为外显子,无内含子。在VRTN基因上共发现了11处基因突变。相关性分析结果表明,连锁位点g.3644436A>G和g.36444438G>A与胸椎数目和胸椎长度显着相关（p<0.05）。g.3645735G>A多态性位点与胴体重、胸椎数目、胸椎长度和胸腰椎总长度显着相关（p<0.05）。五个完全连锁的多态性位点g.3648666C>A、g.3648675C>T、g.3648700T>C、g.3648729C>T、g.3649227C>T与胴体重、胸椎数目和胸椎长度显着相关（p<0.05）。g.3650137C>T位点与胴体重显着相关（p<0.05）,g.3652326A>T与胸椎数目极显着相关（p<0.01）,与腰椎数目显着相关（p<0.05）。软件预测VRTN基因的单倍型,在试验德州驴群体中共发现了9种单倍型组合,关联分析显示,H1H4,H4H4,H1H2,H2H3单倍型组合个体的胸椎数目优于其他个体,G1G1个体的胴体重、胸椎数目和胸椎长度显着优于其他组合（p<0.05）。根据德州驴全基因组序列获得NR6A1基因序列,设计了13对引物,以每头驴的血液基因组DNA为模板,扩增NR6A1基因全部的外显子和内含子序列。在NR6A1的基因上中发现了19处碱基突变,其中包括14处单核苷酸突变、4个缺失位点和1个插入缺失位点。突变位点均位于内含子区域,但未导致蛋白质结构改变。利用一般线性模型对多态性位点与多胸腰椎性状和生产性状进行关联分析,相关性分析表明,g.2238183delA位点与胸围显着相关（p<0.05）。g.2237358del13bp与胸围和胸椎长度显着相关（p<0.05）。g.2230648G>T和体高、胴体重显着相关（p<0.05）。g.2230404T>C位点与体高、胸围和皮重显着相关（p<0.05）。g.2229161C>G与体高和腰椎长度显着相关（p<0.05）。g.2213153G>C与体高显着相关（p<0.05）。g.2211668delT与体高与胸围显着相关（p<0.05）。g.2208980A>G与腰椎数目、腰椎长度和胸腰椎总数极显着相关（p<0.01）。g.2208714T>C与胸围和腰椎数目显着相关（p<0.05）,与胸腰椎总数存在极显着相关性（p<0.01）。使用一般线性模型分析NR6A1基因单倍型组合与多胸腰椎性状、生产性状的相关性,分析结果显示H1H7,H1H5和H1H6单倍型组合的腰椎数目、腰椎长度和胸腰椎总数显着大于其他组合（p<0.01）,G1G3和G4G4组合个体的腰椎长度优于其他组合（p<0.05）。综上,发现NR6A1和VRTN基因突变可导致德州驴脊椎数目的变异,并分别与德州驴的腰椎数和胸椎数变异相关,脊椎数目增加会导致家畜体长增加,胴体重增加。因此NR6A1和VRTN基因可用于未来德州驴早期选育种工作,作为标记辅助选择提高选种的效率和准确性。
孙庆,贺小云,周梅,李青,田志龙,狄冉,胡文萍,王翔宇,刘秋月,储明星[5]（2018）在《家畜脊椎数性状相关基因研究进展》文中研究指明脊椎数性状是家畜的一个重要经济性状,多脊椎现象指家畜的胸腰椎数目增多。脊椎数目的增多会使动物的体型加长,产肉量、产毛量和皮肤面积增加,适应性增强,饲料利用率也有所提升。因为脊椎数性状遗传力较高,所以可以进行定向选择并培育多脊椎数的家畜品种。猪（Sus scrofa）脊椎数性状的研究目前取得了较多成果,而绵羊（Ovis aries）、黄牛（Bos taurus）、牦牛（Bos grunniens）等家畜脊椎数性状的研究成果相对较少,文章概述了家畜脊椎数性状基因定位的研究进展,并简要阐述了高通量测序为家畜脊椎数数性状相关基因定位研究带来的新机遇,以期为选育多脊椎家畜群体提供参考。
李硕[6]（2018）在《Hoxc8基因与乌珠穆沁羊多脊椎性状成因关系的研究》文中研究指明近年来随着我国人民生活水平的提高,对羊肉需求量不断增加。对地方肉羊品种开展保护与利用,将有效提升我国养羊业的发展水平。乌珠穆沁羊属蒙古羊血统,是我国重要的肉羊品种,其种群中的多脊椎突变个体可显着提高羊肉产量,对牧区发展肉羊产业、增加牧民经济收入具有重要意义。发育遗传学研究发现多脊椎性状受到Homeobox gene（同源框基因,简称为Hox）基因的调控,是少数基因突变的结果,能够稳定遗传;预测Hoxc8基因主要调控胸椎的形成,其突变会导致胸椎发育数量的改变,然而这些发现及预测并没有得到充分的分子生物学验证。本研究克隆了绵羊Hoxc8基因的CDS区域,分别构建了该基因的过表达载体和敲除载体。不同载体转染脂肪间充质干细胞后通过筛选单克隆得到了干扰Hoxc8基因表达量的转基因干细胞模型。通过比较不同干细胞转录本内随Hoxc8基因表达量的改变而密切相关的基因及信号通路变化,探究Hoxc8基因对干细胞代谢调控的影响,并进一步研究Hoxc8基因由干细胞向成骨细胞分化过程中的变化趋势;最后,结合干细胞转录本和骨方向分化的数据,在基因组层面上找寻Hoxc8基因与多脊椎性状成因的关系。研究结果为今后进一步探究乌珠穆沁羊多脊椎性状的分子机制奠定基础。一、Hoxc8基因过表达和敲除干细胞的获得本实验首先克隆了绵羊Hoxc8基因的CDS区域,与NCBI参考序列比对率为100%。将CDS序列连入哺乳动物真核表达载体的多克隆位点处,构建了Hoxc8基因过表达载体;同时根据Hoxc8基因CDS上外显子的数量利用CRISPR-Cas9技术构建了Hoxc8基因的敲除载体。构建的两个载体为下步获得转基因细胞提供了质粒材料。Hoxc8基因过表达载体转染脂肪间充质干细胞后通过G148筛选法和有限稀释法筛选阳性细胞:对比细胞增殖活性和细胞凋亡后发现,两种方法没有统计学差异,对比细胞DNA复制活性发现有限稀释法得到的转基因干细胞活性高于G418药物筛选法得到的转基因干细胞,且细胞生长周期短,由此对过表达细胞系的获取我们采用了有限稀释法获取。Hoxc8基因的敲除载体转染干细胞后对敲除细胞系的获取同时采用有限稀释法和挑单克隆法,结果表明皿挑单克隆法所收集的细胞生长周期较短。对Hoxc8基因过表达细胞系和敲除细胞系Hoxc8基因mRNA和蛋白表达水平进行检测,结果过表达细胞系Hoxc8基因mRNA表达水平是对照组的7倍,基因敲除细胞系没有Hoxc8基因蛋白质的表达。本实验获得了Hoxc8基因高表达和不表达的转基因干细胞系,为以后研究干细胞内Hox家族的代谢调控提供了可靠的细胞模型。二、Hoxc8基因过表达与敲除干细胞的基因差异表达分析对Hoxc8基因过表达细胞系、Hoxc8基因敲除细胞系和对照组细胞进行高通量转录组测序,共获得了142 756 374条Raw Reads。经过数据过滤,获得了137 846 948条Clean Reads。过滤后,样本总序列中,质量值大于30（错误率小于0.1%）的碱基数的比例均为93.3%以上。对Hoxc8基因高表达细胞和对照组细胞进行转录组测序分析,发现细胞样本内共有2 271个差异基因上调表达,5 690个差异基因下调表达（P<0.05）;Hoxc8基因敲除细胞和对照组细胞进行转录组测序分析,发现细胞样本中有2 563个差异基因上调表达,有5 413个差异基因下调表达（P<0.05）。上述表达差异基因通过GO功能分析,在基因的分子功能中,细胞器组成、细胞部分和细胞过程三个模块的差异表达基因数量最多。对KEGG中每个信号通路应用超几何检验进行富集分析,发现差异基因同时在两个对比组间均显着富集的通路有肌动蛋白细胞骨架的调控和MAPK通路等共计16条。转录组结果为进一步探究Hoxc8基因在干细胞内的互作基因网络提供了材料和数据。三、Hoxc8基因对干细胞成骨诱导过程的影响脂肪间充质干细胞成骨诱导的过程发现随着成骨标志基因骨钙素（Osteocalcin,OCN）的持续高表达趋势,茜素红染色和碱性磷酸酶染色均为阳性,证明成骨细胞在诱导17 d-21 d时分化形成。Hoxc8基因在诱导过程中期9 d-12 d时,表达量会有明显上升趋势,到诱导晚期表达量又下降到诱导前的水平。结合前期转录组数据发现Hoxc8基因的变化与分节时钟（Segmentation Clock）关联的MAPK信号通路内信号因子密切相关。研究结果为探究Hoxc8基因与乌珠穆沁羊体节发育的关系提供了实验论据。四、分析乌珠穆沁羊全基因组测序数据寻找Hoxc8基因在基因组层面的差异本研究比较了乌珠穆沁羊多脊椎个体和非多脊椎个体的基因组文库,对组间差异区域进行了分析,发现Hoxc8基因在基因组层面上没有发现差异注释区域。但是结合以上转录组测序分析发现Indel差异区域有2个编码区存在差异的基因MDFI和EGFL8与Hoxc8基因变化存在关联性改变的调控关系。
黄洁萍,张明明,马云,郝瑞杰,雷初朝[7]（2017）在《家畜多脊椎性状研究进展》文中进行了进一步梳理多脊椎性状是指动物脊椎数比正常个体增加的现象,是存在于家畜中的有益突变。胸腰椎数的增加可增大家畜的体长,改变相应胴体指标,从而提高其经济价值。多脊椎性状具有较高遗传力,这为多脊椎肉用家畜的选择和培育奠定了遗传基础,使多脊椎个体在家畜遗传改良中发挥优良的生产性能成为可能。因此,家畜多脊椎性状的研究,可为多脊椎肉用家畜新品种的培育奠定理论基础。目前,已在猪、羊和牛3种家畜上发现多脊椎现象。其中,猪多脊椎性状的研究已取得了较大的进展,而牛和羊多脊椎性状的研究结果则相对有限。作者就家畜中的脊椎数变异情况、多脊椎性状对家畜生产性能的影响及其候选基因/突变位点的研究3方面内容进行阐述,并简要分析了家畜多脊椎性状研究空白及可能的研究方向。
乌云斯钦（Oyunnsiqin）[8]（2016）在《乌珠穆沁羊Hoxd11、Hoxa11、Hoxc8基因克隆与多态分析》文中研究说明乌珠穆沁羊是内蒙古自治区独特的优良地方品种。在它基因中许多变异既有适应意义,又有生产应用的价值。多脊椎现象是乌珠穆沁羊生产性能中最普遍的,也是乌珠穆沁羊特有的现象,多脊椎羊比普通羊产肉量多,因此多脊椎乌珠穆沁羊受到普遍好评和欢迎,越来越引起科技工作者和广大牧民的重视。本研究选择可能影响多脊椎现象的Hoxa11、Hoxd11、Hoxc8基因作为候选基因,旨在分子水平上探索这三个基因的多态性与多脊椎乌珠穆沁羊的四种表型（T13L6、T13L7、T14L6、T14L7）中的关系进行研究,为展开多脊椎乌珠穆沁羊四种表型Hoxa11、 Hoxd11、Hoxc8基因的遗传学研究提供科学依据,为培育我国肉用绵羊品种奠定基础。本实验以40只乌珠穆沁羊作为研究对象,其中包含10只没有多脊椎现象的乌珠穆沁羊（T13L6）,10只多一枚腰椎的乌珠穆沁羊（T13L7）,10只多一枚胸椎的乌珠穆沁羊（T14L6）,10只胸椎和腰椎各多一枚的乌珠穆沁羊（T14L7）,采集了40个血液样本作为实验材料,根据已发布的特克赛尔绵羊的Hoxa11、Hoxd11和hoxc8三个基因的cDNA序列设计引物,扩增四种表型乌珠穆沁羊该3种基因的全部外显子序列。再用生物信息学的方法分析Hoxa11、Hoxd11和hoxc8基因的遗传多态性进行了分析,得出如下结果：1.成功克隆了乌珠穆沁羊的Hoxa11、Hoxdll和Hoxc8基因的整个外显子部分,大小分别为6519bp、1320bp和2188bp。2.乌珠穆沁羊Hoxa11基因含有5个外显子,其中包括2449bp的CDS区、4442bp的5’UTR和1252bp的3’UTR; Hoxd11基因含有3个外显子,CDS区全长473bp,30bp的5’UTR和847bp的3’UTR; Hoxc8基因含有3个外显子,包含62 bp的5’UTR、1532bp的3’UTR和729bp的CDS区。3.乌珠穆沁羊Hoxa11基因的第2、3、5外显子核苷酸序列中有突变位点。Hoxd11基因的第3外显子核苷酸序列中有突变位点。Hoxc8基因的第3外显子核苷酸序列中也有突变位点。4.绵羊和牛Hoxa11、Hoxd11和Hoxc8基因的cDNA序列同源性很高,均达到90%以上。
何小龙,李蓓,刘永斌,王峰,田春英,荣威恒[9]（2012）在《蒙古羊GDF11基因启动子区克隆及序列分析》文中进行了进一步梳理为了研究生长分化因子11（growth differentiation factor,GDF11）基因与蒙古羊多脊椎性状间的关系,本研究首先克隆了该基因启动子区序列,并采用相关生物信息学软件对该序列进行了分析。结果得到512bp的蒙古羊GDF11基因启动子区序列,整个序列碱基构成为A占10.55%,G占16.80%,T占31.84%,C占40.82%,整个序列G+C含量百分比为57.62%。通过在线软件对蒙古羊GDF11基因启动子区生物信息学分析结果表明,该区域未找到符合条件的CpG岛,也未发现TATA box或CAAT box结构,但存在一处潜在的转录起始位点和HSF2、HSF2、GATA-1、AML-1a和MZF1 5个潜在转录因子,并且具有5种基序结构:EGF1、CTCK1、ANAPHYLATOXIN1、VWFC1和DEFENSIN。本研究结果为进一步揭示该基因对蒙古羊脊椎数的调控机理提供了重要的理论依据。
陈琦,赵静,张立岭,马月辉[10]（2011）在《多脊椎蒙古羊Hoxc8 exon-1和exon-2的序列分析》文中研究说明参考牛的Hoxc8基因序列设计引物,扩增正常蒙古羊（胸椎数13）和多脊椎蒙古羊（胸椎数14）Hoxc8的exon-1和exon-2基因,对得到的序列进行生物信息学分析。结果表明,经序列比对二者的DNA序列,除两侧个别碱基有差异外,中间序列完全一致。蒙古羊Hoxc8的exon-1和exon-2序列分别与其他物种进行同源性比对,蒙古羊Hoxc8 exon-1与人、小鼠、大鼠、犬的同源性达到96%以上,与斑马鱼的同源性为75.8%;exon-2与大猩猩、犬、人、小鼠、大鼠的同源性达到91%以上,与斑马鱼的同源性为74%。
二、浅谈多脊椎蒙古羊及其Homeobox基因（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、浅谈多脊椎蒙古羊及其Homeobox基因（论文提纲范文）
（1）绵羊KIAA2012与UTP20多态、胴体品质性状关联与生物信息学分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 样品采集 |
| 1.2 DNA提取 |
| 1.3 基因分型 |
| 1.4 数据统计分析 |
| 1.5 生物信息学分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 KIAA2012与UTP20多态性分析 |
| 2.2 KIAA2012与UTP20 SNPs与胸椎数的关联分析 |
| 2.3 KIAA2012与UTP20位点与小尾寒羊胴体长的关联分析 |
| 2.4 绵羊KIAA2012与UTP20生物信息学分析 |
| 2.4.1 KIAA2012与UTP20蛋白理化性质分析 |
| 2.4.2 KIAA2012与UTP20蛋白亲/疏水性分析 |
| 2.4.3 KIAA2012与UTP20蛋白跨膜结构预测与分析 |
| 2.4.4 KIAA2012与UTP20蛋白二级结构预测 |
| 2.4.5 KIAA2012与UTP20蛋白三级结构预测 |
| 3 讨论 |
| 4 结论 |
（2）绵羊胴体性状相关重要候选基因SNPs筛选（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 哺乳动物脊椎的发育与形成机理 |
| 1.2.1 脊椎的胚胎发育 |
| 1.2.2 家畜脊椎骨的组成与变异 |
| 1.3 国内外研究者对脊椎数表型的相关研究 |
| 1.3.1 QTL时代对脊椎数的研究 |
| 1.3.2 GWAS时代在脊椎数研究中的进展 |
| 1.4 脊椎数性状在家畜中的研究现状 |
| 1.4.1 猪脊椎数性状基因定位研究进展 |
| 1.4.2 羊脊椎数性状基因定位研究进展 |
| 1.4.3 牛脊椎数性状基因定位研究进展 |
| 1.5 脊椎数变异对生产性能的影响及研究的重要经济意义 |
| 1.5.1 猪脊椎数变异对生产性能的影响及研究的重要经济意义 |
| 1.5.2 羊脊椎数变异对生产性能的影响及研究的重要经济意义 |
| 1.5.3 牛脊椎数变异对生产性能的影响及研究的重要经济意义 |
| 1.6 苏尼特羊概述 |
| 1.7 小尾寒羊概述 |
| 1.8 研究目的及意义 |
| 第2章 小尾寒羊胸椎数变异对胴体长的影响 |
| 2.1 试验材料与方法 |
| 2.1.1 试验动物 |
| 2.1.2 表型数据的记录 |
| 2.1.3 关联分析 |
| 2.2 试验结果 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 本章小结 |
| 第3章 SNPs对不同品种绵羊胸椎数变异与胴体长的影响 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 样品的采集 |
| 3.1.2 仪器设备 |
| 3.1.3 试验试剂 |
| 3.1.4 表型数据的收集 |
| 3.1.5 胸椎数相关候选基因单核苷酸多态性的的筛选 |
| 3.1.6 DNA的提取 |
| 3.1.7 DNA质量与浓度检测 |
| 3.1.8 DNA引物设计 |
| 3.1.9 Sequenom SNP分型检测 |
| 3.1.10 数据统计分析 |
| 3.1.11 生物信息学分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 电泳结果 |
| 3.2.2 OSBPL11、PAEP及 ALDH1A2基因多态性与群体遗传学分析 |
| 3.2.3 KIAA2012与UTP20基因多态性与群体遗传学分析 |
| 3.2.4 HERC1与ALDH6A1基因多态性与群体遗传学分析 |
| 3.2.5 IQCA1、PARS2及ANO7基因多态性与群体遗传学分析 |
| 3.2.6 OSBPL11、PAEP及 ALDH1A2位点与胸椎数的关联分析 |
| 3.2.7 KIAA2012与UTP20位点与胸椎数的关联分析 |
| 3.2.8 HERC1与ALDH6A1位点与胸椎数的关联分析 |
| 3.2.9 IQCA1、PARS2及ANO7位点与胸椎数的关联分析 |
| 3.2.10 STH各 SNPs与胴体长的关联分析 |
| 3.2.11 生物信息学分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 本章小结 |
| 结论 |
| 创新点 |
| 展望与设想 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
（3）HOXA10对绵羊肌肉间充质干细胞的成骨和成脂分化调控机制的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 第一部分 文献综述 |
| 第一章 间充质干细胞的成骨、成脂分化方向的调控 |
| 1.1 间充质干细胞概述 |
| 1.1.1 间充质干细胞 |
| 1.1.2 肌肉来源的间充质干细胞 |
| 1.1.3 间充质干细胞的成脂和成骨分化的关系 |
| 1.2 影响间充质干细胞成骨、成脂分化的信号通路 |
| 1.2.1 TGFβ/BMPs |
| 1.2.2 Wnt |
| 1.2.3 Hedgehogs |
| 1.2.4 Notch |
| 1.2.5 AMPK |
| 1.2.6 FGF |
| 1.2.7 microRNAs |
| 1.3 影响间充质干细胞成骨、成脂分化的转录因子 |
| 1.3.1 RUNX2 |
| 1.3.2 Osterix/sp7 |
| 1.3.3 β-catenin |
| 1.3.4 YAP和 TAZ |
| 1.3.5 TWIST |
| 1.3.6 DLX5 |
| 1.3.7 PPARG |
| 1.3.8 Ebf1 |
| 1.3.9 GATA2 |
| 1.4 HOX家族转录因子对间充质干细胞成骨、成脂分化的影响 |
| 1.4.1 HOX家族转录因子概述 |
| 1.4.2 HOX家族转录因子在间充质干细胞中的表达 |
| 1.4.3 HOX家族转录因子与间充质干细胞成骨、成脂分化的关系 |
| 1.4.4 HOX家族转录因子对间充质干细胞成骨、成脂分化的调控 |
| 1.4.5 HOX家族基因的转录水平调控 |
| 第二部分 实验研究 |
| 第二章 HOXA10对绵羊肌肉间充质干细胞的增殖、凋亡和成脂、成骨分化的影响 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验材料 |
| 2.2.1 主要仪器设备 |
| 2.2.2 实验试剂和耗材 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.3.1 .绵羊骨髓和肌肉间充质干细胞的分离、传代和冻存 |
| 2.3.2 间充质干细胞表面标记物的细胞免疫化学鉴定 |
| 2.3.3 细胞生长曲线的绘制 |
| 2.3.4 干细胞多能性维持相关因子的鉴定 |
| 2.3.4.1 总RNA的提取和q RT-PCR |
| 2.3.4.2 总蛋白的提取和Western Blot |
| 2.3.5 成脂和成骨分化能力的验证 |
| 2.3.5.1 成脂诱导和油红O染色 |
| 2.3.5.2 成骨诱导和茜素红S染色 |
| 2.3.6 绵羊HOXA10的生物信息学分析 |
| 2.3.7 HOXA10过表达载体的构建和鉴定 |
| 2.3.8 绵羊骨髓和肌肉间充质干细胞中HOXA10 表达水平的q RT-PCR分析 |
| 2.3.9 HOXA10过表达对绵羊肌肉间充质干细胞的增殖和凋亡的影响 |
| 2.3.9.1 细胞增殖的检测 |
| 2.3.9.2 细胞周期的检测 |
| 2.3.9.3 细胞凋亡的检测 |
| 2.3.10 HOXA10过表达对绵羊肌肉间充质干细胞成脂和成骨分化的影响 |
| 2.3.10.1 HOXA10 过表达对sMDSCs成脂分化的影响 |
| 2.3.10.2 HOXA10 过表达对sMDSCs成骨分化的影响 |
| 2.3.11 HOXA10和靶基因相互作用的验证 |
| 2.3.11.1 双荧光素酶报告载体的构建 |
| 2.3.11.2 双荧光素酶活性的检测 |
| 2.3.12 数据统计和分析 |
| 2.4 实验结果 |
| 2.4.1 绵羊间充质干细胞sBMSCs和 sMDSCs的分离和鉴定 |
| 2.4.1.1 形态特征观察 |
| 2.4.1.2 标记物的免疫化学鉴定 |
| 2.4.1.3 增殖能力鉴定 |
| 2.4.1.4 干细胞多能性维持相关因子的鉴定 |
| 2.4.1.5 成脂和成骨分化能力的验证 |
| 2.4.2 HOXA10过表达载体的构建与鉴定 |
| 2.4.2.1 HOXA10的生物信息学分析 |
| 2.4.2.2 HOXA10过表达载体的构建 |
| 2.4.2.3 HOXA10过表达载体的有效性验证 |
| 2.4.3 HOXA10 过表达对sMDSCs增殖和凋亡的影响 |
| 2.4.3.1 HOXA10 过表达对sMDSCs增殖的影响 |
| 2.4.3.2 HOXA10 过表达对sMDSCs细胞周期的影响 |
| 2.4.3.3 HOXA10 过表达对sMDSCs凋亡的影响 |
| 2.4.3.4 HOXA10对BCL2 转录的影响 |
| 2.4.3.5 HOXA10 过表达对PI3K/AKT/mTOR/p70S6K信号通路的作用 |
| 2.4.4 HOXA10 过表达对sMDSCs成骨和成脂分化的影响 |
| 2.4.4.1 HOXA10 过表达对sMDSCs成骨分化的影响 |
| 2.4.4.2 HOXA10 过表达对sMDSCs成脂分化的影响 |
| 2.5 讨论 |
| 2.5.1 绵羊间充质干细胞sBMSCs和 sMDSCs的分离和鉴定 |
| 2.5.2 HOXA10 过表达对sMDSCs增殖、凋亡和成脂、成骨分化的影响 |
| 2.6 本章小结 |
| 第三章 HOXA10对绵羊肌肉间充质干细胞成脂和成骨分化调控机制的研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验材料 |
| 3.2.1 主要仪器设备 |
| 3.2.2 实验试剂和耗材 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.3.1 HOXA10过表达单克隆的获得 |
| 3.3.1.1 G418筛选浓度的确定 |
| 3.3.1.2 无限稀释法获取HOXA10过表达单克隆 |
| 3.3.1.3 总RNA的提取和q RT-PCR |
| 3.3.1.4 总蛋白的提取和Western Blot |
| 3.3.2 HOXA10敲除单克隆的获得 |
| 3.3.2.1 sgRNA设计与载体构建 |
| 3.3.2.2 细胞水平基因编辑效率检测 |
| 3.3.2.3 细胞水平脱靶效率检测 |
| 3.3.2.4 HOXA10敲除单克隆的获得及其基因型的鉴定 |
| 3.3.3 转录组测序 |
| 3.3.3.1 样品信息及测序 |
| 3.3.3.2 数据质量控制 |
| 3.3.3.3 差异表达基因的筛选和功能分析 |
| 3.3.3.4 qRT-PCR验证 |
| 3.3.4 HOXA10靶基因的鉴定 |
| 3.3.4.1 HOXA10和靶基因之间相互作用的验证 |
| 3.3.4.2 HOXA10 靶基因NLRP3对sMDSCs成脂和成骨分化的影响 |
| 3.4 实验结果 |
| 3.4.1 HOXA10过表达单克隆细胞系的构建 |
| 3.4.1.1 G418筛选浓度的确定 |
| 3.4.1.2 HOXA10过表达单克隆细胞系的获取 |
| 3.4.1.3 HOXA10 过表达单克隆细胞系的q RT-PCR鉴定 |
| 3.4.1.4 HOXA10 过表达单克隆细胞系的Western Blot鉴定 |
| 3.4.2 HOXA10敲除单克隆细胞系的构建 |
| 3.4.2.1 CRISPR/Cas9 打靶位点设计和打靶载体构建 |
| 3.4.2.2 CRISPR/Cas9 打靶位点的切割效率检测 |
| 3.4.2.3 CRISPR/Cas9 脱靶位点的预测和检测 |
| 3.4.2.4 HOXA10敲除单克隆细胞系的基因型的确定 |
| 3.4.3 转录组测序及其比较分析 |
| 3.4.3.1 数据质量评估 |
| 3.4.3.2 差异表达基因统计和比较筛选 |
| 3.4.3.3 差异基因GO分类统计 |
| 3.4.3.4 差异基因KEGG分类统计 |
| 3.4.3.5 测序结果的q RT-PCR验证和HOXA10 潜在靶基因的确定 |
| 3.4.4 NLRP3 炎症小体在HOXA10对sMDSCs成脂和成骨分化的调控中的作用 |
| 3.4.4.1 HOXA10对NLRP3 转录的作用 |
| 3.4.4.2 sMDSCs中 NLRP3 表达的激活 |
| 3.4.4.3 NLRP3 表达上调对HOXA10 促进sMDSCs成骨分化作用的影响 |
| 3.4.4.4 NLRP3 表达上调对HOXA10 抑制sMDSCs成脂分化作用的影响 |
| 3.5 讨论 |
| 3.5.1 HOXA10过表达单克隆细胞系的构建 |
| 3.5.2 HOXA10敲除单克隆细胞系的构建 |
| 3.5.3 转录组测序及其比较分析 |
| 3.5.4 NLRP3 炎症小体在HOXA10对sMDSCs成脂和成骨分化的调控中的作用 |
| 3.6 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
（4）德州驴种质资源研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 中国驴产业发展现状 |
| 1.2 德州驴简介 |
| 1.2.1 德州驴外貌特征 |
| 1.2.2 德州驴体重、体尺和屠宰性能 |
| 1.2.3 德州驴生长发育 |
| 1.2.4 德州驴繁殖性能 |
| 1.2.5 德州驴饲养管理 |
| 1.3 多脊椎性状简介 |
| 1.4 脊椎数变异与生产性状相关性研究 |
| 1.5 国内外动物脊椎数变异的研究进展 |
| 1.5.1 猪脊椎数目的研究进展 |
| 1.5.2 羊脊椎数目的研究进展 |
| 1.5.3 牛脊椎数目的研究进展 |
| 1.6 本研究的总体思路和意义 |
| 第二章 德州驴生产性能的初步研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验动物 |
| 2.1.2 体尺性状 |
| 2.1.3 屠宰性能 |
| 2.1.4 统计分析 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 屠宰前德州驴体重体尺 |
| 2.2.2 屠宰性能比较 |
| 2.2.3 脏器系数及消化系统重量和尺寸测定 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 德州驴多胸腰椎性状分析 |
| 3.1 材料和方法 |
| 3.1.1 实验动物 |
| 3.1.2 体尺性状 |
| 3.1.3 屠宰性能 |
| 3.1.4 脊椎性状 |
| 3.1.5 统计分析 |
| 3.2 结果 |
| 3.2.1 德州驴多胸腰椎性状调查 |
| 3.2.2 不同胸腰组合类型与体尺性状的相关性分析 |
| 3.2.3 不同性状之间的相关分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 德州驴VRTN、NR6A1 基因多态性与多胸腰椎数变异及生产指标的关联分析 |
| 4.1 材料和方法 |
| 4.1.1 实验动物 |
| 4.1.2 性状采集 |
| 4.1.3 血液采集 |
| 4.2 主要仪器设备和实验试剂 |
| 4.2.1 主要实验仪器和设备 |
| 4.2.2 主要试剂和药品 |
| 4.2.3 主要分子生物学软件及相关网站 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.3.1 生物信息学分析 |
| 4.3.2 血液基因组的提取 |
| 4.3.3 DNA质量检测 |
| 4.3.4 引物设计和PCR扩增 |
| 4.3.5 DNA片段的测序 |
| 4.3.6 数据统计 |
| 4.3.7 统计学数据分析 |
| 4.3.8 预测单倍型组合 |
| 4.3.9 基因多态性位点和不同单倍型组合与体尺、生产性状的相关性 |
| 4.4 结果 |
| 4.4.1 VRTN和 NR6A1 基因的生物信息学分析 |
| 4.4.2 VRTN基因的多态性 |
| 4.4.3 VRTN基因的多态性位点的基因型频率及遗传多态性分析 |
| 4.4.4 VRNT基因单倍型构建 |
| 4.4.5 VRTN基因多态性位点和不同单倍型组合与体尺、生产性状的相关性 |
| 4.4.6 NR6A1 基因的多态性 |
| 4.4.7 NR6A1 基因多态性位点的基因型频率及遗传多态性分析 |
| 4.4.8 NR6A1 基因的单倍型构建 |
| 4.4.9 NR6A1 基因多态性位点和不同单倍型组合与体尺、生产性状的相关性 |
| 4.5 讨论 |
| 4.5.1 德州驴VRTN基因与生长性状的相关分析 |
| 4.5.2 德州驴NR6A1 基因与生长性状的相关分析 |
| 4.6 小结 |
| 第五章 全文总结 |
| 参考文献 |
| 硕士期间发表及在投文章及专利 |
| 致谢 |
（5）家畜脊椎数性状相关基因研究进展（论文提纲范文）
| 1 哺乳动物脊椎形成机理 |
| 2 脊椎数性状在家畜中的研究现状 |
| 2.1 家猪中脊椎数性状基因定位研究进展 |
| 2.2 绵羊脊椎数性状基因定位研究进展 |
| 2.3 牛脊椎数性状基因定位研究进展 |
| 3 总结与展望 |
（6）Hoxc8基因与乌珠穆沁羊多脊椎性状成因关系的研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 第一章 文献综述 Hox基因在脊椎动物发育过程中调控模式的研究概况 |
| 1.脊椎动物的脊椎发育原理 |
| 2.Hox基因影响胚胎的发育过程 |
| 2.1 Hox基因控制胚胎体轴前后表达的功能 |
| 2.2 Hox基因控制轴向骨架的区域模式 |
| 2.2.1 HoxPG10基因和腰椎 |
| 2.2.2 HoxPG5-9和胸椎的关系 |
| 2.2.3 Hoxc8基因调控乌珠穆沁羊多脊椎形成机制的相关研究 |
| 第二章 Hoxc8基因过表达和敲除干细胞的获得 |
| 引言 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 实验仪器设备 |
| 1.2 菌种与载体 |
| 1.3 主要实验材料、试剂与耗材 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 脂肪间充质干细胞的培养 |
| 2.1.1 脂肪间充质干细胞的原代培养 |
| 2.1.2 脂肪间充质干细胞的传代培养 |
| 2.1.3 脂肪间充质干细胞的冷冻保存及复苏 |
| 2.1.4 脂肪间充质干细胞的鉴定 |
| 2.2 绵羊Hoxc8的CDS区域克隆 |
| 2.3 Hoxc8基因过表达载体的构建 |
| 2.4 Hoxc8基因过表达干细胞系的获得 |
| 2.4.1 电穿孔技术进行细胞转染 |
| 2.4.2 不同方法筛选过表达干细胞 |
| 2.4.3 过表达干细胞的活性检测 |
| 2.4.4 过表达干细胞的EdU增殖检测 |
| 2.4.5 流式细胞术检测过表达干细胞的凋亡情况 |
| 2.5 Hoxc8基因敲除载体的构建 |
| 2.5.1 sgRNA的设计 |
| 2.5.2 sgRNA的敲除载体的构建 |
| 2.5.3 sgRNA的活性检测 |
| 2.6 Hoxc8基因敲除阳性克隆干细胞系的获得 |
| 2.6.1 敲除阳性克隆细胞系的筛选 |
| 2.6.2 Hoxc8基因敲除干细胞系的鉴定 |
| 2.7 Hoxc8基因过表达干细胞系和敲除干细胞系的蛋白质表达水平鉴定 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 脂肪间充质干细胞的分离培养 |
| 3.1.1 脂肪间充质干细胞的培养 |
| 3.1.2 脂肪间充质干细胞的鉴定 |
| 3.2 绵羊Hoxc8的CDS区域克隆 |
| 3.3 Hoxc8基因过表达载体的构建 |
| 3.4 Hoxc8基因过表达干细胞系的获得 |
| 3.4.1 不同方法筛选过表达干细胞 |
| 2.4.2 过表达干细胞的活性检测 |
| 2.4.3 过表达干细胞的EdU增殖检测 |
| 2.4.4 流式细胞术检测过表达干细胞凋亡 |
| 3.5 Hoxc8基因高效敲除载体的构建 |
| 3.5.1 sgRNA的设计 |
| 3.5.2 sgRNA的敲除载体的构建 |
| 3.5.3 sgRNA的活性检测 |
| 3.6 Hoxc8基因敲除细胞系的获得 |
| 3.6.1 敲除阳性克隆细胞系的筛选 |
| 3.6.2 敲除阳性克隆细胞系的鉴定 |
| 3.7 Hoxc8基因过表达干细胞系和敲除干细胞系的蛋白质表达水平鉴定 |
| 4 讨论 |
| 第三章 Hoxc8基因过表达干细胞与敲除干细胞的基因差异表达分析 |
| 引言 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 实验仪器设备 |
| 1.2 主要实验材料、试剂与耗材 |
| 1.3 主要使用软件与数据库 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 实验材料RNA的提取和检测 |
| 2.2 转录组测序文库的构建 |
| 2.3 文库的信息分析 |
| 2.3.1 测序原始数据过滤 |
| 2.3.2 测序质量分布 |
| 2.3.3 测序碱基分布 |
| 2.4 测序比对分析 |
| 2.4.1 比对率分析 |
| 2.4.2 基因区域分布 |
| 2.5 文库的表达量分析 |
| 2.5.1 表达量评估 |
| 2.5.2 基因差异表达分析 |
| 2.6 文库的功能分析 |
| 2.7 qRT-RCR验证测序数据 |
| 3 结果 |
| 3.1 实验材料RNA的提取和检测 |
| 3.2 数据过滤 |
| 3.3 测序的质量分布 |
| 3.4 测序碱基分布 |
| 3.5 比对率分析 |
| 3.6 基因区域分布 |
| 3.7 基因表达量估计 |
| 3.8 基因表达差异分析 |
| 3.9 GO功能分析 |
| 3.10 KEGG通路分析 |
| 3.11 qRT-RCR验证测序数据 |
| 4 讨论 |
| 第四章 Hoxc8基因在干细胞向成骨方向诱导的变化趋势 |
| 引言 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 实验仪器设备 |
| 1.2 主要实验材料、试剂与耗材 |
| 1.3 主要培养液 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 间充质干细胞成骨诱导分化 |
| 2.1.1 间充质干细胞的传代培养 |
| 2.1.2 间充质干细胞的成骨诱导及收样 |
| 2.2 成骨细胞鉴定 |
| 2.2.1 茜素红染色 |
| 2.2.2 碱性磷酸酶染色 |
| 2.3 检测成骨诱导过程Hoxc8基因mRNA水平变化趋势 |
| 2.4 检测成骨诱导过程Hoxc8基因蛋白质水平变化趋势 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 间充质干细胞成骨诱导分化 |
| 3.2 检测成骨诱导过程Hoxc8基因mRNA水平变化趋势 |
| 3.3 检测成骨诱导过程Hoxc8基因蛋白质水平变化趋势 |
| 4 讨论 |
| 第五章 整合多脊椎与非多脊椎个体的重测序数据探究Hoxc8基因在基因组层面的差异 |
| 引言 |
| 1 实验材料 |
| 1.1 实验样本材料 |
| 1.2 主要数据库和生物分析软件 |
| 2 实验方法 |
| 2.1 样品采集和基因组重测序 |
| 2.2 测序比对和差异位点检测 |
| 3 实验结果 |
| 3.1 测序数据的质量和比对统计 |
| 3.2 SNP/Indel差异检测 |
| 3.2.1 SNP差异位点统计 |
| 3.2.2 Indel差异区域统计 |
| 4 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
（7）家畜多脊椎性状研究进展（论文提纲范文）
| 1 家畜脊椎骨的组成与变异 |
| 1.1 猪的脊椎数变异 |
| 1.2 羊的脊椎数变异 |
| 1.3 牛的脊椎数变异 |
| 2 家畜多脊椎性状对生产性能的影响 |
| 2.1 猪多脊椎性状对生产性能的影响 |
| 2.2 羊和牛多脊椎性状对生产性能的影响 |
| 3 家畜多脊椎性状调控基因的研究 |
| 3.1 猪多脊椎性状调控基因的研究 |
| 3.2 牛和羊多脊椎性状调控基因的研究 |
| 4 小结 |
（8）乌珠穆沁羊Hoxd11、Hoxa11、Hoxc8基因克隆与多态分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 引言 |
| 1.1 概述 |
| 1.2 同源异形盒基因的研究 |
| 1.2.1 同源异形盒基因的特点 |
| 1.2.2 基因克隆与Homeobox基因的发现 |
| 1.2.3 同源异形盒基因对脊椎动物的调控与控制 |
| 1.2.4 同源异形盒基因的分类 |
| 1.3 不同物质的Hox基因的研究现状 |
| 1.3.1 果蝇的同源异位基因 |
| 1.3.2 鼠的Homeobox基因 |
| 1.3.3 鸡的Homeobox基因 |
| 1.3.4 其它动物的Homeobox基因 |
| 1.3.5 绵羊的Homeobox基因 |
| 1.4 多脊椎乌珠穆沁羊候选基因研究的意义 |
| 1.4.1 保护优质品种需加强遗传多样性研究 |
| 1.4.2 培育新品种要基于标记辅助选择 |
| 1.5 绵羊分子标记研究进展 |
| 1.5.1 SNP分析方法 |
| 1.6 试验中所涉及的实验方法的原理 |
| 1.6.1 PCR技术的基本原理 |
| 1.6.2 PCR的反应体系与反应条件 |
| 1.6.3 引物设计与合成 |
| 1.7 本研究的目的和意义 |
| 2 乌珠穆沁羊Hoxall、Hoxdll、Hoxc8基因的克隆及序列分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 材料来源 |
| 2.1.2 主要仪器设备及分析软件 |
| 2.1.3 主要试剂 |
| 2.1.4 主要溶液的配制 |
| 2.2 实验方法 |
| 2.2.1 血液基因组DNA提取试剂盒操作步骤 |
| 2.2.2 PCR反应 |
| 2.2.3 PCR产物的回收(DNA凝胶回收试剂盒) |
| 2.2.4 链接反应 |
| 2.2.5 转化反应 |
| 2.2.6 测序的拼接 |
| 2.2.7 向数据库提交基因序列 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.3.1 DNA浓度和纯度检测 |
| 2.3.2 乌珠穆沁羊Hoxall、Hoxdll和Hoxc8基因的PCR扩增结果 |
| 2.3.3 序列的拼接结果 |
| 2.3.4 乌珠穆沁羊和几种动物Hoxall、Hoxdll、Hoxc8基因的外显子比对 |
| 2.3.5 小结 |
| 3 乌珠穆沁羊Hoxall、Hoxdll、Hoxc8基因的多态分析 |
| 3.1 序列分析 |
| 3.2 基因多态性的统计方法 |
| 3.2.1 等位基因频率 |
| 3.2.2 基因型频率 |
| 3.2.3 多态信息含量、基因纯合度、基因杂合度和有效等位基因数 |
| 3.2.4 群体Hardy-Weinberg平衡状态的检验 |
| 3.2.5 基因型的独立性检验 |
| 3.2.6 方差分析 |
| 3.3 结果与分析 |
| 4 讨论 |
| 4.1 样品DNA提取 |
| 4.2 PCR扩增 |
| 4.3 Hoxall、Hoxdll和Hoxc8基因多态与多脊椎的关系 |
| 4.3.1 果蝇的Homeobox基因 |
| 4.3.2 鼠的Homeobox基因 |
| 4.3.3 鱼类的Homeobox基因 |
| 4.3.4 鸡的Homeobox基因 |
| 4.3.5 绵羊的Homeobox基因 |
| 4.3.6 创新点 |
| 5 结论 |
| 附图 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录1 |
| 附录2 |
| 附录3 |
| 作者简介 |
（10）多脊椎蒙古羊Hoxc8 exon-1和exon-2的序列分析（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验材料 |
| 1.2 DNA抽提 |
| 1.3 PCR扩增多脊椎蒙古羊的Hoxc8的 |
| 1.4 测序 |
| 1.5 结果比对 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 基因组 |
| 2.2 Hoxc8 exon-1 PCR扩增结果 |
| 2.3 Hoxc8 exon-2 PCR扩增结果 |
| 2.4 测序结果 |
| 2.4.1 正常与多脊椎蒙古羊的Hoxc8 |
| 2.4.2 正常与多脊椎蒙古羊的Hoxc8 |
| 2.4.3 蒙古羊与其他物种Hoxc8的exon-1和exon-2序列的比较分析 |
| 2.4.4 Hoxc8基因核苷酸序列分析 |
| 2.4.5 Hoxc8 exon-1氨基酸序列组成分析 |
| 2.4.6 Hoxc8编码蛋白的生物信息学分析 |
| 3 讨 论 |
四、浅谈多脊椎蒙古羊及其Homeobox基因（论文参考文献）
- [1]绵羊KIAA2012与UTP20多态、胴体品质性状关联与生物信息学分析[J]. 郭思武,储明星,刘玉芳. 畜牧与兽医, 2022
- [2]绵羊胴体性状相关重要候选基因SNPs筛选[D]. 郭思武. 河北工程大学, 2021
- [3]HOXA10对绵羊肌肉间充质干细胞的成骨和成脂分化调控机制的研究[D]. 马敏. 内蒙古大学, 2020(01)
- [4]德州驴种质资源研究[D]. 高琦璨. 山东师范大学, 2020(09)
- [5]家畜脊椎数性状相关基因研究进展[J]. 孙庆,贺小云,周梅,李青,田志龙,狄冉,胡文萍,王翔宇,刘秋月,储明星. 农业生物技术学报, 2018(12)
- [6]Hoxc8基因与乌珠穆沁羊多脊椎性状成因关系的研究[D]. 李硕. 内蒙古大学, 2018(02)
- [7]家畜多脊椎性状研究进展[J]. 黄洁萍,张明明,马云,郝瑞杰,雷初朝. 中国畜牧兽医, 2017(08)
- [8]乌珠穆沁羊Hoxd11、Hoxa11、Hoxc8基因克隆与多态分析[D]. 乌云斯钦（Oyunnsiqin）. 内蒙古农业大学, 2016(02)
- [9]蒙古羊GDF11基因启动子区克隆及序列分析[J]. 何小龙,李蓓,刘永斌,王峰,田春英,荣威恒. 中国畜牧兽医, 2012(02)
- [10]多脊椎蒙古羊Hoxc8 exon-1和exon-2的序列分析[J]. 陈琦,赵静,张立岭,马月辉. 热带生物学报, 2011(02)